Leaving the log here FYI.
(base) user@COMPUTER visinity % conda env create -f requirements.yml
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
Downloading and Extracting Packages
click-8.1.3 | 146 KB | ####################################################################################################### | 100%
itsdangerous-2.1.2 | 16 KB | ####################################################################################################### | 100%
libpng-1.6.38 | 297 KB | ####################################################################################################### | 100%
zarr-2.10.1 | 110 KB | ####################################################################################################### | 100%
typing_extensions-4. | 28 KB | ####################################################################################################### | 100%
llvmlite-0.38.1 | 240 KB | ####################################################################################################### | 100%
cytoolz-0.12.0 | 343 KB | ####################################################################################################### | 100%
libsqlite-3.39.3 | 802 KB | ####################################################################################################### | 100%
tifffile-2021.4.8 | 130 KB | ####################################################################################################### | 100%
libwebp-base-1.2.4 | 316 KB | ####################################################################################################### | 100%
cycler-0.11.0 | 10 KB | ####################################################################################################### | 100%
imageio-2.13.1 | 3.1 MB | ####################################################################################################### | 100%
pyinstaller-5.1 | 1.0 MB | ####################################################################################################### | 100%
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libcblas-3.9.0 | 13 KB | ####################################################################################################### | 100%
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brotlipy-0.7.0 | 341 KB | ####################################################################################################### | 100%
libgfortran-5.0.0 | 146 KB | ####################################################################################################### | 100%
kiwisolver-1.4.4 | 62 KB | ####################################################################################################### | 100%
numba-0.55.2 | 3.8 MB | ####################################################################################################### | 100%
urllib3-1.26.11 | 102 KB | ####################################################################################################### | 100%
libblas-3.9.0 | 13 KB | ####################################################################################################### | 100%
flask-2.1.0 | 70 KB | ####################################################################################################### | 100%
zstd-1.5.2 | 378 KB | ####################################################################################################### | 100%
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unicodedata2-14.0.0 | 503 KB | ####################################################################################################### | 100%
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idna-3.4 | 55 KB | ####################################################################################################### | 100%
pyopenssl-22.0.0 | 120 KB | ####################################################################################################### | 100%
dask-core-2022.9.1 | 849 KB | ####################################################################################################### | 100%
requests-2.28.1 | 53 KB | ####################################################################################################### | 100%
typing-extensions-4. | 8 KB | ####################################################################################################### | 100%
markupsafe-2.1.1 | 22 KB | ####################################################################################################### | 100%
jinja2-3.1.2 | 99 KB | ####################################################################################################### | 100%
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libcxx-14.0.6 | 1.3 MB | ####################################################################################################### | 100%
toolz-0.12.0 | 48 KB | ####################################################################################################### | 100%
pandas-1.5.0 | 12.1 MB | ####################################################################################################### | 100%
c-blosc2-2.4.1 | 228 KB | ####################################################################################################### | 100%
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hdbscan-0.8.28 | 521 KB | ####################################################################################################### | 100%
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pytz-2022.2.1 | 224 KB | ####################################################################################################### | 100%
sqlite-3.39.3 | 794 KB | ####################################################################################################### | 100%
sqlalchemy-1.4.41 | 2.4 MB | ####################################################################################################### | 100%
pillow-8.1.1 | 635 KB | ####################################################################################################### | 100%
liblapack-3.9.0 | 13 KB | ####################################################################################################### | 100%
readline-8.1.2 | 263 KB | ####################################################################################################### | 100%
pysocks-1.7.1 | 19 KB | ####################################################################################################### | 100%
macholib-1.16.2 | 36 KB | ####################################################################################################### | 100%
ca-certificates-2022 | 150 KB | ####################################################################################################### | 100%
libgfortran5-11.3.0 | 1.3 MB | ####################################################################################################### | 100%
certifi-2022.9.24 | 155 KB | ####################################################################################################### | 100%
freetype-2.12.1 | 852 KB | ####################################################################################################### | 100%
matplotlib-base-3.6. | 7.4 MB | ####################################################################################################### | 100%
munkres-1.1.4 | 12 KB | ####################################################################################################### | 100%
pyinstaller-hooks-co | 95 KB | ####################################################################################################### | 100%
scikit-image-0.19.3 | 10.9 MB | ####################################################################################################### | 100%
fsspec-2022.8.2 | 96 KB | ####################################################################################################### | 100%
openjpeg-2.5.0 | 447 KB | ####################################################################################################### | 100%
scipy-1.9.1 | 21.8 MB | ####################################################################################################### | 100%
contourpy-1.0.5 | 230 KB | ####################################################################################################### | 100%
dav1d-1.0.0 | 423 KB | ####################################################################################################### | 100%
setuptools-65.4.0 | 731 KB | ####################################################################################################### | 100%
libtiff-4.3.0 | 574 KB | ####################################################################################################### | 100%
python_abi-3.8 | 4 KB | ####################################################################################################### | 100%
numpy-1.22.4 | 5.8 MB | ####################################################################################################### | 100%
cffi-1.15.1 | 220 KB | ####################################################################################################### | 100%
cryptography-37.0.4 | 1.2 MB | ####################################################################################################### | 100%
orjson-3.8.0 | 258 KB | ####################################################################################################### | 100%
networkx-2.8.6 | 1.6 MB | ####################################################################################################### | 100%
scikit-learn-1.1.2 | 7.4 MB | ####################################################################################################### | 100%
altgraph-0.17.2 | 21 KB | ####################################################################################################### | 100%
zlib-1.2.12 | 80 KB | ####################################################################################################### | 100%
cloudpickle-2.2.0 | 25 KB | ####################################################################################################### | 100%
pywavelets-1.3.0 | 4.3 MB | ####################################################################################################### | 100%
fonttools-4.37.3 | 1.9 MB | ####################################################################################################### | 100%
waitress-2.1.2 | 46 KB | ####################################################################################################### | 100%
imagecodecs-2022.2.2 | 2.1 MB | ####################################################################################################### | 100%
aom-3.5.0 | 2.4 MB | ####################################################################################################### | 100%
libavif-0.10.1 | 85 KB | ####################################################################################################### | 100%
werkzeug-2.2.2 | 249 KB | ####################################################################################################### | 100%
greenlet-1.1.3 | 88 KB | ####################################################################################################### | 100%
joblib-1.2.0 | 205 KB | ####################################################################################################### | 100%
libzlib-1.2.12 | 51 KB | ####################################################################################################### | 100%
jpeg-9e | 259 KB | ####################################################################################################### | 100%
pyyaml-6.0 | 161 KB | ####################################################################################################### | 100%
partd-1.3.0 | 18 KB | ####################################################################################################### | 100%
libllvm11-11.1.0 | 20.9 MB | ####################################################################################################### | 100%
charset-normalizer-2 | 36 KB | ####################################################################################################### | 100%
python-3.8.13 | 12.3 MB | ####################################################################################################### | 100%
tornado-6.2 | 655 KB | ####################################################################################################### | 100%
xz-5.2.6 | 230 KB | ####################################################################################################### | 100%
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libssh2-1.10.0 | 218 KB | ####################################################################################################### | 100%
zipp-3.8.1 | 13 KB | ####################################################################################################### | 100%
pip-22.2.2 | 1.5 MB | ####################################################################################################### | 100%
libnghttp2-1.47.0 | 816 KB | ####################################################################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
Installing pip dependencies: \ Ran pip subprocess with arguments:
['/Users/user/miniconda3/envs/visinity/bin/python', '-m', 'pip', 'install', '-U', '-r', '/Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt']
Pip subprocess output:
Collecting elementpath==2.3.2
Downloading elementpath-2.3.2-py3-none-any.whl (155 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 155.5/155.5 kB 792.1 kB/s eta 0:00:00
Collecting pycave==3.1.3
Downloading pycave-3.1.3-py3-none-any.whl (37 kB)
Collecting numpy-indexed
Downloading numpy_indexed-0.3.5-py2.py3-none-any.whl (18 kB)
Collecting ome-types==0.2.9
Downloading ome_types-0.2.9-py3-none-any.whl (137 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 137.8/137.8 kB 1.3 MB/s eta 0:00:00
Collecting opencv-python
Downloading opencv_python-4.6.0.66-cp37-abi3-macosx_11_0_arm64.whl (30.0 MB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 30.0/30.0 MB 4.4 MB/s eta 0:00:00
Collecting umap-learn
Downloading umap-learn-0.5.3.tar.gz (88 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 88.2/88.2 kB 1.6 MB/s eta 0:00:00
Preparing metadata (setup.py): started
Preparing metadata (setup.py): finished with status 'done'
Collecting xmlschema==1.8.0
Downloading xmlschema-1.8.0-py3-none-any.whl (262 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 262.1/262.1 kB 4.0 MB/s eta 0:00:00
Collecting torch<2.0.0,>=1.8.0
Using cached torch-1.12.1-cp38-none-macosx_11_0_arm64.whl (49.1 MB)
Collecting pytorch-lightning<2.0.0,>=1.6.0
Downloading pytorch_lightning-1.7.7-py3-none-any.whl (708 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 708.1/708.1 kB 5.3 MB/s eta 0:00:00
Requirement already satisfied: numpy<2.0.0,>=1.20.3 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from pycave==3.1.3->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 2)) (1.22.4)
Collecting torchmetrics<0.6.0,>=0.5.1
Downloading torchmetrics-0.5.1-py3-none-any.whl (282 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 283.0/283.0 kB 4.0 MB/s eta 0:00:00
Collecting lightkit<0.5.0,>=0.4.4
Downloading lightkit-0.4.4-py3-none-any.whl (17 kB)
Collecting pydantic[email]>=1.0
Using cached pydantic-1.10.2-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl (2.6 MB)
Collecting Pint>=0.15
Using cached Pint-0.19.2-py3-none-any.whl
Collecting future
Using cached future-0.18.2-py3-none-any.whl
Requirement already satisfied: scikit-learn>=0.22 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from umap-learn->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 6)) (1.1.2)
Requirement already satisfied: scipy>=1.0 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from umap-learn->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 6)) (1.9.1)
Requirement already satisfied: numba>=0.49 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from umap-learn->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 6)) (0.55.2)
Collecting pynndescent>=0.5
Downloading pynndescent-0.5.7.tar.gz (1.1 MB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 1.1/1.1 MB 5.6 MB/s eta 0:00:00
Preparing metadata (setup.py): started
Preparing metadata (setup.py): finished with status 'done'
Collecting tqdm
Downloading tqdm-4.64.1-py2.py3-none-any.whl (78 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 78.5/78.5 kB 2.5 MB/s eta 0:00:00
Requirement already satisfied: llvmlite<0.39,>=0.38.0rc1 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from numba>=0.49->umap-learn->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 6)) (0.38.1)
Requirement already satisfied: setuptools in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from numba>=0.49->umap-learn->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 6)) (65.4.0)
Requirement already satisfied: typing-extensions>=4.1.0 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from pydantic[email]>=1.0->ome-types==0.2.9->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 4)) (4.3.0)
Collecting email-validator>=1.0.3
Downloading email_validator-1.3.0-py2.py3-none-any.whl (22 kB)
Requirement already satisfied: joblib>=0.11 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from pynndescent>=0.5->umap-learn->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 6)) (1.2.0)
Collecting tensorboard>=2.9.1
Downloading tensorboard-2.10.1-py3-none-any.whl (5.9 MB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 5.9/5.9 MB 5.2 MB/s eta 0:00:00
Collecting pytorch-lightning<2.0.0,>=1.6.0
Downloading pytorch_lightning-1.7.6-py3-none-any.whl (707 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 707.5/707.5 kB 4.6 MB/s eta 0:00:00
Downloading pytorch_lightning-1.7.5-py3-none-any.whl (706 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 706.6/706.6 kB 4.6 MB/s eta 0:00:00
Downloading pytorch_lightning-1.7.4-py3-none-any.whl (706 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 706.5/706.5 kB 5.9 MB/s eta 0:00:00
Downloading pytorch_lightning-1.7.3-py3-none-any.whl (705 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 705.8/705.8 kB 5.6 MB/s eta 0:00:00
Downloading pytorch_lightning-1.7.2-py3-none-any.whl (705 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 705.6/705.6 kB 5.0 MB/s eta 0:00:00
Downloading pytorch_lightning-1.7.1-py3-none-any.whl (701 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 701.5/701.5 kB 6.1 MB/s eta 0:00:00
Downloading pytorch_lightning-1.7.0-py3-none-any.whl (700 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 700.9/700.9 kB 6.2 MB/s eta 0:00:00
Downloading pytorch_lightning-1.6.5-py3-none-any.whl (585 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 585.9/585.9 kB 3.7 MB/s eta 0:00:00
Requirement already satisfied: packaging>=17.0 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from pytorch-lightning<2.0.0,>=1.6.0->pycave==3.1.3->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 2)) (21.3)
Requirement already satisfied: PyYAML>=5.4 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from pytorch-lightning<2.0.0,>=1.6.0->pycave==3.1.3->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 2)) (6.0)
Requirement already satisfied: fsspec[http]!=2021.06.0,>=2021.05.0 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from pytorch-lightning<2.0.0,>=1.6.0->pycave==3.1.3->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 2)) (2022.8.2)
Collecting protobuf<=3.20.1
Using cached protobuf-3.20.1-py2.py3-none-any.whl (162 kB)
Collecting pyDeprecate>=0.3.1
Using cached pyDeprecate-0.3.2-py3-none-any.whl (10 kB)
Requirement already satisfied: threadpoolctl>=2.0.0 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from scikit-learn>=0.22->umap-learn->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 6)) (3.1.0)
Collecting dnspython>=1.15.0
Using cached dnspython-2.2.1-py3-none-any.whl (269 kB)
Requirement already satisfied: idna>=2.0.0 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from email-validator>=1.0.3->pydantic[email]>=1.0->ome-types==0.2.9->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 4)) (3.4)
Collecting aiohttp!=4.0.0a0,!=4.0.0a1
Downloading aiohttp-3.8.3-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl (337 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 337.4/337.4 kB 4.6 MB/s eta 0:00:00
Requirement already satisfied: requests in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from fsspec[http]!=2021.06.0,>=2021.05.0->pytorch-lightning<2.0.0,>=1.6.0->pycave==3.1.3->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 2)) (2.28.1)
Requirement already satisfied: pyparsing!=3.0.5,>=2.0.2 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from packaging>=17.0->pytorch-lightning<2.0.0,>=1.6.0->pycave==3.1.3->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 2)) (3.0.9)
Collecting markdown>=2.6.8
Using cached Markdown-3.4.1-py3-none-any.whl (93 kB)
Requirement already satisfied: wheel>=0.26 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from tensorboard>=2.9.1->pytorch-lightning<2.0.0,>=1.6.0->pycave==3.1.3->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 2)) (0.37.1)
Requirement already satisfied: werkzeug>=1.0.1 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from tensorboard>=2.9.1->pytorch-lightning<2.0.0,>=1.6.0->pycave==3.1.3->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 2)) (2.2.2)
Collecting grpcio>=1.24.3
Downloading grpcio-1.49.1.tar.gz (22.1 MB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 22.1/22.1 MB 3.8 MB/s eta 0:00:00
Preparing metadata (setup.py): started
Preparing metadata (setup.py): finished with status 'done'
Collecting google-auth-oauthlib<0.5,>=0.4.1
Using cached google_auth_oauthlib-0.4.6-py2.py3-none-any.whl (18 kB)
Collecting tensorboard-data-server<0.7.0,>=0.6.0
Using cached tensorboard_data_server-0.6.1-py3-none-any.whl (2.4 kB)
Collecting tensorboard-plugin-wit>=1.6.0
Using cached tensorboard_plugin_wit-1.8.1-py3-none-any.whl (781 kB)
Collecting protobuf<=3.20.1
Downloading protobuf-3.19.5-py2.py3-none-any.whl (162 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 162.7/162.7 kB 3.3 MB/s eta 0:00:00
Collecting google-auth<3,>=1.6.3
Downloading google_auth-2.11.1-py2.py3-none-any.whl (167 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 167.1/167.1 kB 2.3 MB/s eta 0:00:00
Collecting absl-py>=0.4
Using cached absl_py-1.2.0-py3-none-any.whl (123 kB)
Collecting aiosignal>=1.1.2
Using cached aiosignal-1.2.0-py3-none-any.whl (8.2 kB)
Collecting yarl<2.0,>=1.0
Downloading yarl-1.8.1-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl (57 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 57.4/57.4 kB 1.7 MB/s eta 0:00:00
Collecting multidict<7.0,>=4.5
Using cached multidict-6.0.2-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl (29 kB)
Requirement already satisfied: charset-normalizer<3.0,>=2.0 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from aiohttp!=4.0.0a0,!=4.0.0a1->fsspec[http]!=2021.06.0,>=2021.05.0->pytorch-lightning<2.0.0,>=1.6.0->pycave==3.1.3->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 2)) (2.1.1)
Collecting frozenlist>=1.1.1
Downloading frozenlist-1.3.1-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl (35 kB)
Collecting attrs>=17.3.0
Using cached attrs-22.1.0-py2.py3-none-any.whl (58 kB)
Collecting async-timeout<5.0,>=4.0.0a3
Using cached async_timeout-4.0.2-py3-none-any.whl (5.8 kB)
Requirement already satisfied: six>=1.9.0 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from google-auth<3,>=1.6.3->tensorboard>=2.9.1->pytorch-lightning<2.0.0,>=1.6.0->pycave==3.1.3->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 2)) (1.16.0)
Collecting pyasn1-modules>=0.2.1
Using cached pyasn1_modules-0.2.8-py2.py3-none-any.whl (155 kB)
Collecting cachetools<6.0,>=2.0.0
Using cached cachetools-5.2.0-py3-none-any.whl (9.3 kB)
Collecting rsa<5,>=3.1.4
Using cached rsa-4.9-py3-none-any.whl (34 kB)
Collecting requests-oauthlib>=0.7.0
Using cached requests_oauthlib-1.3.1-py2.py3-none-any.whl (23 kB)
Requirement already satisfied: importlib-metadata>=4.4 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from markdown>=2.6.8->tensorboard>=2.9.1->pytorch-lightning<2.0.0,>=1.6.0->pycave==3.1.3->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 2)) (4.11.4)
Requirement already satisfied: urllib3<1.27,>=1.21.1 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from requests->fsspec[http]!=2021.06.0,>=2021.05.0->pytorch-lightning<2.0.0,>=1.6.0->pycave==3.1.3->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 2)) (1.26.11)
Requirement already satisfied: certifi>=2017.4.17 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from requests->fsspec[http]!=2021.06.0,>=2021.05.0->pytorch-lightning<2.0.0,>=1.6.0->pycave==3.1.3->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 2)) (2022.9.24)
Requirement already satisfied: MarkupSafe>=2.1.1 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from werkzeug>=1.0.1->tensorboard>=2.9.1->pytorch-lightning<2.0.0,>=1.6.0->pycave==3.1.3->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 2)) (2.1.1)
Requirement already satisfied: zipp>=0.5 in /Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages (from importlib-metadata>=4.4->markdown>=2.6.8->tensorboard>=2.9.1->pytorch-lightning<2.0.0,>=1.6.0->pycave==3.1.3->-r /Users/user/programming/visinity/condaenv.bszso9lo.requirements.txt (line 2)) (3.8.1)
Collecting pyasn1<0.5.0,>=0.4.6
Using cached pyasn1-0.4.8-py2.py3-none-any.whl (77 kB)
Collecting oauthlib>=3.0.0
Using cached oauthlib-3.2.1-py3-none-any.whl (151 kB)
Building wheels for collected packages: umap-learn, pynndescent, grpcio
Building wheel for umap-learn (setup.py): started
Building wheel for umap-learn (setup.py): finished with status 'done'
Created wheel for umap-learn: filename=umap_learn-0.5.3-py3-none-any.whl size=82814 sha256=dd6c56b492a80be0f651659fb0523d4f5997f046e78880b2c960c174d6224bfa
Stored in directory: /Users/user/Library/Caches/pip/wheels/a9/3a/67/06a8950e053725912e6a8c42c4a3a241410f6487b8402542ea
Building wheel for pynndescent (setup.py): started
Building wheel for pynndescent (setup.py): finished with status 'done'
Created wheel for pynndescent: filename=pynndescent-0.5.7-py3-none-any.whl size=54269 sha256=35f898d2009f14d440c6fcb50a1ed2c582cf60f4d6ce3f8586b72975f4534127
Stored in directory: /Users/user/Library/Caches/pip/wheels/1b/38/fe/99e22fbae88abd1c5e8d99253cba6d1c590cc7a94408bff3bf
Building wheel for grpcio (setup.py): started
Building wheel for grpcio (setup.py): still running...
Building wheel for grpcio (setup.py): finished with status 'done'
Created wheel for grpcio: filename=grpcio-1.49.1-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl size=3341532 sha256=2cd748edd84a50e929854ac2e9da38130af525c4618171199f50cf4201bc47de
Stored in directory: /Users/user/Library/Caches/pip/wheels/ae/75/9b/1cfee21306a9993817964b0c777cbedf8a42342254986cd0e9
Successfully built umap-learn pynndescent grpcio
Installing collected packages: tensorboard-plugin-wit, pyasn1, tqdm, torch, tensorboard-data-server, rsa, pyDeprecate, pydantic, pyasn1-modules, protobuf, Pint, opencv-python, oauthlib, multidict, grpcio, future, frozenlist, elementpath, dnspython, cachetools, attrs, async-timeout, absl-py, yarl, xmlschema, torchmetrics, requests-oauthlib, numpy-indexed, markdown, google-auth, email-validator, aiosignal, pynndescent, google-auth-oauthlib, aiohttp, umap-learn, tensorboard, ome-types, pytorch-lightning, lightkit, pycave
Successfully installed Pint-0.19.2 absl-py-1.2.0 aiohttp-3.8.3 aiosignal-1.2.0 async-timeout-4.0.2 attrs-22.1.0 cachetools-5.2.0 dnspython-2.2.1 elementpath-2.3.2 email-validator-1.3.0 frozenlist-1.3.1 future-0.18.2 google-auth-2.11.1 google-auth-oauthlib-0.4.6 grpcio-1.49.1 lightkit-0.4.4 markdown-3.4.1 multidict-6.0.2 numpy-indexed-0.3.5 oauthlib-3.2.1 ome-types-0.2.9 opencv-python-4.6.0.66 protobuf-3.19.5 pyDeprecate-0.3.2 pyasn1-0.4.8 pyasn1-modules-0.2.8 pycave-3.1.3 pydantic-1.10.2 pynndescent-0.5.7 pytorch-lightning-1.6.5 requests-oauthlib-1.3.1 rsa-4.9 tensorboard-2.10.1 tensorboard-data-server-0.6.1 tensorboard-plugin-wit-1.8.1 torch-1.12.1 torchmetrics-0.5.1 tqdm-4.64.1 umap-learn-0.5.3 xmlschema-1.8.0 yarl-1.8.1
done
#
# To activate this environment, use
#
# $ conda activate visinity
#
# To deactivate an active environment, use
#
# $ conda deactivate
(base) user@COMPUTER visinity % conda activate visinity
(visinity) user@COMPUTER visinity % python run.py
Traceback (most recent call last):
File "run.py", line 2, in <module>
from minerva_analysis import app
File "/Users/user/programming/visinity/minerva_analysis/__init__.py", line 55, in <module>
from minerva_analysis.server.routes import page_routes, data_routes, import_routes
File "/Users/user/programming/visinity/minerva_analysis/server/routes/data_routes.py", line 6, in <module>
from minerva_analysis.server.models import data_model
File "/Users/user/programming/visinity/minerva_analysis/server/models/data_model.py", line 8, in <module>
import hdbscan
File "/Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages/hdbscan/__init__.py", line 1, in <module>
from .hdbscan_ import HDBSCAN, hdbscan
File "/Users/user/miniconda3/envs/visinity/lib/python3.8/site-packages/hdbscan/hdbscan_.py", line 509, in <module>
memory=Memory(cachedir=None, verbose=0),
TypeError: __init__() got an unexpected keyword argument 'cachedir'
(visinity) user@COMPUTER visinity %
Hi,
just tried to install and run
visinityon a M1-Mac and it failed.Leaving the log here FYI.