From 06e7b4a34093fca0f35c49819c0764632d781946 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: razmia02 Date: Wed, 1 Jul 2026 21:36:35 +0500 Subject: [PATCH 1/9] Initial module setup --- modules/nf-core/ciri2/environment.yml | 10 +++ modules/nf-core/ciri2/main.nf | 83 ++++++++++++++++++++++++ modules/nf-core/ciri2/meta.yml | 78 ++++++++++++++++++++++ modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test | 75 +++++++++++++++++++++ 4 files changed, 246 insertions(+) create mode 100644 modules/nf-core/ciri2/environment.yml create mode 100644 modules/nf-core/ciri2/main.nf create mode 100644 modules/nf-core/ciri2/meta.yml create mode 100644 modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test diff --git a/modules/nf-core/ciri2/environment.yml b/modules/nf-core/ciri2/environment.yml new file mode 100644 index 000000000000..156e8cb6a259 --- /dev/null +++ b/modules/nf-core/ciri2/environment.yml @@ -0,0 +1,10 @@ +--- +# yaml-language-server: $schema=https://raw.githubusercontent.com/nf-core/modules/master/modules/environment-schema.json +channels: + - conda-forge + - bioconda +dependencies: + # TODO nf-core: List required Conda package(s). + # Software MUST be pinned to channel (i.e. "bioconda"), version (i.e. "1.10"). + # For Conda, the build (i.e. "h9402c20_2") must be EXCLUDED to support installation on different operating systems. + - "bioconda::ciri2=2.0.6" diff --git a/modules/nf-core/ciri2/main.nf b/modules/nf-core/ciri2/main.nf new file mode 100644 index 000000000000..d0e4b4519285 --- /dev/null +++ b/modules/nf-core/ciri2/main.nf @@ -0,0 +1,83 @@ +// TODO nf-core: If in doubt look at other nf-core/modules to see how we are doing things! :) +// https://github.com/nf-core/modules/tree/master/modules/nf-core/ +// You can also ask for help via your pull request or on the #modules channel on the nf-core Slack workspace: +// https://nf-co.re/join +// TODO nf-core: A module file SHOULD only define input and output files as command-line parameters. +// All other parameters MUST be provided using the "task.ext" directive, see here: +// https://www.nextflow.io/docs/latest/process.html#ext +// where "task.ext" is a string. +// Any parameters that need to be evaluated in the context of a particular sample +// e.g. single-end/paired-end data MUST also be defined and evaluated appropriately. +// TODO nf-core: Software that can be piped together SHOULD be added to separate module files +// unless there is a run-time, storage advantage in implementing in this way +// e.g. it's ok to have a single module for bwa to output BAM instead of SAM: +// bwa mem | samtools view -B -T ref.fasta +// TODO nf-core: Optional inputs are not currently supported by Nextflow. However, using an empty +// list (`[]`) instead of a file can be used to work around this issue. + +process CIRI2 { + tag "$meta.id" + label 'process_single' + + // TODO nf-core: See section in main README for further information regarding finding and adding container addresses to the section below. + conda "${moduleDir}/environment.yml" + container "${ workflow.containerEngine in ['singularity', 'apptainer'] && !task.ext.singularity_pull_docker_container ? + 'https://depot.galaxyproject.org/singularity/ciri2:2.0.6': + 'quay.io/biocontainers/ciri2' }" + + input:// TODO nf-core: Where applicable all sample-specific information e.g. "id", "single_end", "read_group" + // MUST be provided as an input via a Groovy Map called "meta". + // This information may not be required in some instances e.g. indexing reference genome files: + // https://github.com/nf-core/modules/blob/master/modules/nf-core/bwa/index/main.nf + // TODO nf-core: Where applicable please provide/convert compressed files as input/output + // e.g. "*.fastq.gz" and NOT "*.fastq", "*.bam" and NOT "*.sam" etc. + tuple val(meta), path(bam) + + output: + // TODO nf-core: Named file extensions MUST be emitted for ALL output channels + tuple val(meta), path("*.bam"), emit: bam + // TODO nf-core: List additional required output channels/values here + // TODO nf-core: Update the command here to obtain the version number of the software used in this module + // TODO nf-core: If multiple software packages are used in this module, all MUST be added here + // by copying the line below and replacing the current tool with the extra tool(s) + tuple val("${task.process}"), val('ciri2'), eval("ciri2 --version"), topic: versions, emit: versions_ciri2 + + when: + task.ext.when == null || task.ext.when + + script: + def args = task.ext.args ?: '' + def prefix = task.ext.prefix ?: "${meta.id}" + // TODO nf-core: Where possible, a command MUST be provided to obtain the version number of the software e.g. 1.10 + // If the software is unable to output a version number on the command-line then it can be manually specified + // e.g. https://github.com/nf-core/modules/blob/master/modules/nf-core/homer/annotatepeaks/main.nf + // Each software used MUST provide the software name and version number in the YAML version file (versions.yml) + // TODO nf-core: It MUST be possible to pass additional parameters to the tool as a command-line string via the "task.ext.args" directive + // TODO nf-core: If the tool supports multi-threading then you MUST provide the appropriate parameter + // using the Nextflow "task" variable e.g. "--threads $task.cpus" + // TODO nf-core: Please replace the example samtools command below with your module's command + // TODO nf-core: Please indent the command appropriately (4 spaces!!) to help with readability ;) + """ + ciri2 \\ + $args \\ + -@ $task.cpus \\ + -o ${prefix}.bam \\ + $bam + """ + + stub: + def args = task.ext.args ?: '' + def prefix = task.ext.prefix ?: "${meta.id}" + // TODO nf-core: A stub section should mimic the execution of the original module as best as possible + // Have a look at the following examples: + // Simple example: https://github.com/nf-core/modules/blob/624977dfaf562211e68a8a868ca80acc8461f1ac/modules/nf-core/cutadapt/main.nf#L34-L46 + // Complex example: https://github.com/nf-core/modules/blob/88d43dad73a675e66bff49ebb57fe657a5909018/modules/nf-core/bedtools/split/main.nf#L32-L43 + // TODO nf-core: If the module doesn't use arguments ($args), you SHOULD remove: + // - The definition of args `def args = task.ext.args ?: ''` above. + // - The use of the variable in the script `echo $args ` below. + """ + echo $args + + touch ${prefix}.bam + """ +} diff --git a/modules/nf-core/ciri2/meta.yml b/modules/nf-core/ciri2/meta.yml new file mode 100644 index 000000000000..ac860150b6b0 --- /dev/null +++ b/modules/nf-core/ciri2/meta.yml @@ -0,0 +1,78 @@ +# yaml-language-server: $schema=https://raw.githubusercontent.com/nf-core/modules/master/modules/meta-schema.json +# # TODO nf-core: Add a description of the module and list keywords +name: "ciri2" +description: Circular RNA identification based on multiple seed matching +keywords: + - circRNA + - detection + - genomics + - transcriptomics +tools: + ## TODO nf-core: Add a description and other details for the software below + - "ciri2": + description: "CIRI2: Circular RNA identification based on multiple seed matching" + homepage: "https://ciri-cookbook.readthedocs.io/en/latest/CIRI2.html" + documentation: "https://ciri-cookbook.readthedocs.io/en/latest/CIRI2.html" + tool_dev_url: "https://github.com/bioinfo-biols/CIRI-full/tree/master/bin/CIRI_v2.0.6" + doi: "10.1093/bib/bbx014" + licence: ["GPL-2.0"] + identifier: "biotools:ciri" + +input: + ### TODO nf-core: Add a description of all of the variables used as input + - - meta: + type: map + description: | + Groovy Map containing sample information + e.g. `[ id:'sample1' ]` + - bam: + type: file + description: Sorted BAM/CRAM/SAM file + pattern: "*.{bam,cram,sam}" + ontologies: + - edam: "http://edamontology.org/format_2572" # BAM + - edam: "http://edamontology.org/format_2573" # CRAM + - edam: "http://edamontology.org/format_3462" # SAM + +output: + ### TODO nf-core: Add a description of all of the variables used as output + bam: + - - meta: + type: map + description: | + Groovy Map containing sample information + e.g. `[ id:'sample1' ]` + - "*.bam": + type: file + description: Sorted BAM/CRAM/SAM file + pattern: "*.{bam,cram,sam}" + ontologies: + - edam: "http://edamontology.org/format_2572" # BAM + - edam: "http://edamontology.org/format_2573" # CRAM + - edam: "http://edamontology.org/format_3462" # SAM + versions_ciri2: + - - "${task.process}": + type: string + description: The name of the process + - "ciri2": + type: string + description: The name of the tool + - "ciri2 --version": + type: eval + description: The expression to obtain the version of the tool + +topics: + versions: + - - ${task.process}: + type: string + description: The name of the process + - ciri2: + type: string + description: The name of the tool + - ciri2 --version: + type: eval + description: The expression to obtain the version of the tool +authors: + - "@razmia02" +maintainers: + - "@razmia02" diff --git a/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test new file mode 100644 index 000000000000..a357a6490d22 --- /dev/null +++ b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test @@ -0,0 +1,75 @@ +// TODO nf-core: Once you have added the required tests, please run the following command to build this file: +// nf-core modules test ciri2 +nextflow_process { + + name "Test Process CIRI2" + script "../main.nf" + process "CIRI2" + + tag "modules" + tag "modules_nfcore" + tag "ciri2" + + // TODO nf-core: Change the test name preferably indicating the test-data and file-format used + test("sarscov2 - bam") { + + // TODO nf-core: If you are created a test for a chained module + // (the module requires running more than one process to generate the required output) + // add the 'setup' method here. + // You can find more information about how to use a 'setup' method in the nf-test docs (https://www.nf-test.com/docs/testcases/setup/). + + when { + process { + """ + // TODO nf-core: define inputs of the process here. Example: + + input[0] = [ + [ id:'test' ], + file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/bam/test.paired_end.sorted.bam', checkIfExists: true), + ] + """ + } + } + + then { + assert process.success + assertAll( + { assert snapshot( + process.out, + process.out.findAll { key, val -> key.startsWith('versions') } + ).match() } + //TODO nf-core: Add all required assertions to verify the test output. + // See https://nf-co.re/docs/developing/testing/assertions for more information and examples. + ) + } + + } + + // TODO nf-core: Change the test name preferably indicating the test-data and file-format used but keep the " - stub" suffix. + test("sarscov2 - bam - stub") { + + options "-stub" + + when { + process { + """ + // TODO nf-core: define inputs of the process here. Example: + + input[0] = [ + [ id:'test' ], + file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/bam/test.paired_end.sorted.bam', checkIfExists: true), + ] + """ + } + } + + then { + assert process.success + assertAll( + { assert snapshot(process.out).match() } + ) + } + + } + +} From 5a6dfae956e4098f1a653a6e534e9e4f6d4b2a59 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: razmia02 Date: Wed, 1 Jul 2026 22:05:32 +0500 Subject: [PATCH 2/9] Initial module setup --- modules/nf-core/ciri2/meta.yml | 4 ++-- 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/modules/nf-core/ciri2/meta.yml b/modules/nf-core/ciri2/meta.yml index ac860150b6b0..c3d2c16aa888 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/meta.yml +++ b/modules/nf-core/ciri2/meta.yml @@ -15,8 +15,8 @@ tools: documentation: "https://ciri-cookbook.readthedocs.io/en/latest/CIRI2.html" tool_dev_url: "https://github.com/bioinfo-biols/CIRI-full/tree/master/bin/CIRI_v2.0.6" doi: "10.1093/bib/bbx014" - licence: ["GPL-2.0"] - identifier: "biotools:ciri" + licence: ["GPL-2.0-only"] + identifier: "" input: ### TODO nf-core: Add a description of all of the variables used as input From 211e4bc1e3c61979477738a70e203da153182dd4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: razmia02 Date: Fri, 3 Jul 2026 02:39:40 +0500 Subject: [PATCH 3/9] Added input & output channels --- modules/nf-core/ciri2/environment.yml | 3 --- modules/nf-core/ciri2/main.nf | 17 ++++++++++------- 2 files changed, 10 insertions(+), 10 deletions(-) diff --git a/modules/nf-core/ciri2/environment.yml b/modules/nf-core/ciri2/environment.yml index 156e8cb6a259..bb298e178f57 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/environment.yml +++ b/modules/nf-core/ciri2/environment.yml @@ -4,7 +4,4 @@ channels: - conda-forge - bioconda dependencies: - # TODO nf-core: List required Conda package(s). - # Software MUST be pinned to channel (i.e. "bioconda"), version (i.e. "1.10"). - # For Conda, the build (i.e. "h9402c20_2") must be EXCLUDED to support installation on different operating systems. - "bioconda::ciri2=2.0.6" diff --git a/modules/nf-core/ciri2/main.nf b/modules/nf-core/ciri2/main.nf index d0e4b4519285..bf3a93ac5a92 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/main.nf +++ b/modules/nf-core/ciri2/main.nf @@ -22,8 +22,8 @@ process CIRI2 { // TODO nf-core: See section in main README for further information regarding finding and adding container addresses to the section below. conda "${moduleDir}/environment.yml" container "${ workflow.containerEngine in ['singularity', 'apptainer'] && !task.ext.singularity_pull_docker_container ? - 'https://depot.galaxyproject.org/singularity/ciri2:2.0.6': - 'quay.io/biocontainers/ciri2' }" + 'https://depot.galaxyproject.org/singularity/ciri2:2.0.6--pl5321hdfd78af_0': + 'quay.io/biocontainers/ciri2:2.0.6--pl5321hdfd78af_0' }" input:// TODO nf-core: Where applicable all sample-specific information e.g. "id", "single_end", "read_group" // MUST be provided as an input via a Groovy Map called "meta". @@ -31,12 +31,16 @@ process CIRI2 { // https://github.com/nf-core/modules/blob/master/modules/nf-core/bwa/index/main.nf // TODO nf-core: Where applicable please provide/convert compressed files as input/output // e.g. "*.fastq.gz" and NOT "*.fastq", "*.bam" and NOT "*.sam" etc. - tuple val(meta), path(bam) + tuple val(meta), path(sam) // Required -I sam_file + path fasta // optional -F reference fasta file + path annotation // optional -A GTF or GFF3 annotation file + path ref_dir // optional -R reference directory path output: // TODO nf-core: Named file extensions MUST be emitted for ALL output channels - tuple val(meta), path("*.bam"), emit: bam - // TODO nf-core: List additional required output channels/values here + tuple val(meta), path("*.txt"), emit: circrna + tuple val(meta), path("*.log"), emit: logfile, optional: true + // TODO nf-core: Update the command here to obtain the version number of the software used in this module // TODO nf-core: If multiple software packages are used in this module, all MUST be added here // by copying the line below and replacing the current tool with the extra tool(s) @@ -61,8 +65,7 @@ process CIRI2 { ciri2 \\ $args \\ -@ $task.cpus \\ - -o ${prefix}.bam \\ - $bam + -o ${prefix}.txt \\ """ stub: From e82a3c3f110ddc32c58c7c621a563106551097bb Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: razmia02 Date: Fri, 3 Jul 2026 22:19:41 +0500 Subject: [PATCH 4/9] Updated main.nf & meta.yml --- modules/nf-core/ciri2/main.nf | 15 +++++--- modules/nf-core/ciri2/meta.yml | 68 ++++++++++++++++++++-------------- 2 files changed, 51 insertions(+), 32 deletions(-) diff --git a/modules/nf-core/ciri2/main.nf b/modules/nf-core/ciri2/main.nf index bf3a93ac5a92..03a90da2ef69 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/main.nf +++ b/modules/nf-core/ciri2/main.nf @@ -52,6 +52,8 @@ process CIRI2 { script: def args = task.ext.args ?: '' def prefix = task.ext.prefix ?: "${meta.id}" + def anno = annotation ? "-A ${annotation}" : "" + def reference = fasta ? "-F ${fasta}" : "-R ${ref_dir}" // TODO nf-core: Where possible, a command MUST be provided to obtain the version number of the software e.g. 1.10 // If the software is unable to output a version number on the command-line then it can be manually specified // e.g. https://github.com/nf-core/modules/blob/master/modules/nf-core/homer/annotatepeaks/main.nf @@ -62,10 +64,13 @@ process CIRI2 { // TODO nf-core: Please replace the example samtools command below with your module's command // TODO nf-core: Please indent the command appropriately (4 spaces!!) to help with readability ;) """ - ciri2 \\ - $args \\ - -@ $task.cpus \\ - -o ${prefix}.txt \\ + perl CIRI2.pl \\ + -I $sam \\ + -O ${prefix}.txt \\ + $reference \\ + $anno \\ + -T $task.cpus \\ + $args """ stub: @@ -81,6 +86,6 @@ process CIRI2 { """ echo $args - touch ${prefix}.bam + touch ${prefix}.txt """ } diff --git a/modules/nf-core/ciri2/meta.yml b/modules/nf-core/ciri2/meta.yml index c3d2c16aa888..bf0af47af4f6 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/meta.yml +++ b/modules/nf-core/ciri2/meta.yml @@ -1,5 +1,3 @@ -# yaml-language-server: $schema=https://raw.githubusercontent.com/nf-core/modules/master/modules/meta-schema.json -# # TODO nf-core: Add a description of the module and list keywords name: "ciri2" description: Circular RNA identification based on multiple seed matching keywords: @@ -8,59 +6,75 @@ keywords: - genomics - transcriptomics tools: - ## TODO nf-core: Add a description and other details for the software below - "ciri2": description: "CIRI2: Circular RNA identification based on multiple seed matching" homepage: "https://ciri-cookbook.readthedocs.io/en/latest/CIRI2.html" documentation: "https://ciri-cookbook.readthedocs.io/en/latest/CIRI2.html" tool_dev_url: "https://github.com/bioinfo-biols/CIRI-full/tree/master/bin/CIRI_v2.0.6" doi: "10.1093/bib/bbx014" - licence: ["GPL-2.0-only"] - identifier: "" - + licence: + - "GPL-2.0-only" + identifier: "biotools:ciri2" input: - ### TODO nf-core: Add a description of all of the variables used as input - - meta: type: map description: | Groovy Map containing sample information e.g. `[ id:'sample1' ]` - - bam: + - sam: type: file - description: Sorted BAM/CRAM/SAM file - pattern: "*.{bam,cram,sam}" + description: Raw SAM file from BWA + pattern: "*.{sam}" ontologies: - - edam: "http://edamontology.org/format_2572" # BAM - - edam: "http://edamontology.org/format_2573" # CRAM - - edam: "http://edamontology.org/format_3462" # SAM - + - edam: "http://edamontology.org/format_3462" + - fasta: + type: file + description: Fasta file for reference sequence + pattern: "*.{fasta, fa}" + ontologies: + - edam: "http://edamontology.org/format_1929" + - annotation: + type: file + description: GTF or GFF3 annotation file + pattern: "*.{gtf, gff, gff3}" + ontologies: + - edam: "http://edamontology.org/format_2305" + - ref_dir: + type: directory + description: Directory containing reference files output: - ### TODO nf-core: Add a description of all of the variables used as output - bam: + circrna: - - meta: type: map description: | Groovy Map containing sample information e.g. `[ id:'sample1' ]` - - "*.bam": + - "*.txt": type: file - description: Sorted BAM/CRAM/SAM file - pattern: "*.{bam,cram,sam}" - ontologies: - - edam: "http://edamontology.org/format_2572" # BAM - - edam: "http://edamontology.org/format_2573" # CRAM - - edam: "http://edamontology.org/format_3462" # SAM + description: Output file containing circRNA list + pattern: "*.{txt}" + ontologies: [] versions_ciri2: - - - "${task.process}": + - - ${task.process}: type: string description: The name of the process - - "ciri2": + - ciri2: type: string description: The name of the tool - - "ciri2 --version": + - ciri2 --version: type: eval description: The expression to obtain the version of the tool - + logfile: + - - meta: + type: map + description: | + Groovy Map containing sample information + e.g. `[ id:'sample1' ]` + - "*.log": + type: file + description: Output logfile + pattern: "*.{log}" + ontologies: [] topics: versions: - - ${task.process}: From 470cf3ab2852c59124e268497d6915e605fc354c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: razmia02 Date: Wed, 15 Jul 2026 21:57:14 +0500 Subject: [PATCH 5/9] Tests --- modules/nf-core/ciri2/main.nf | 4 +- modules/nf-core/ciri2/meta.yml | 14 +- modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test | 60 +- modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/chr1.fa | 2 + .../nf-core/ciri2/tests/test_data/sample.sam | 37236 ++++++++++++++++ 5 files changed, 37251 insertions(+), 65 deletions(-) create mode 100644 modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/chr1.fa create mode 100644 modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/sample.sam diff --git a/modules/nf-core/ciri2/main.nf b/modules/nf-core/ciri2/main.nf index 03a90da2ef69..fa9b69b960ad 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/main.nf +++ b/modules/nf-core/ciri2/main.nf @@ -44,7 +44,7 @@ process CIRI2 { // TODO nf-core: Update the command here to obtain the version number of the software used in this module // TODO nf-core: If multiple software packages are used in this module, all MUST be added here // by copying the line below and replacing the current tool with the extra tool(s) - tuple val("${task.process}"), val('ciri2'), eval("ciri2 --version"), topic: versions, emit: versions_ciri2 + tuple val("${task.process}"), val('CIRI2.pl'), eval("CIRI2.pl --version"), topic: versions, emit: versions_ciri2_pl when: task.ext.when == null || task.ext.when @@ -64,7 +64,7 @@ process CIRI2 { // TODO nf-core: Please replace the example samtools command below with your module's command // TODO nf-core: Please indent the command appropriately (4 spaces!!) to help with readability ;) """ - perl CIRI2.pl \\ + CIRI2.pl \\ -I $sam \\ -O ${prefix}.txt \\ $reference \\ diff --git a/modules/nf-core/ciri2/meta.yml b/modules/nf-core/ciri2/meta.yml index bf0af47af4f6..d4d47cbba5d6 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/meta.yml +++ b/modules/nf-core/ciri2/meta.yml @@ -54,16 +54,6 @@ output: description: Output file containing circRNA list pattern: "*.{txt}" ontologies: [] - versions_ciri2: - - - ${task.process}: - type: string - description: The name of the process - - ciri2: - type: string - description: The name of the tool - - ciri2 --version: - type: eval - description: The expression to obtain the version of the tool logfile: - - meta: type: map @@ -80,10 +70,10 @@ topics: - - ${task.process}: type: string description: The name of the process - - ciri2: + - CIRI2.pl: type: string description: The name of the tool - - ciri2 --version: + - CIRI2.pl --version: type: eval description: The expression to obtain the version of the tool authors: diff --git a/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test index a357a6490d22..0a5f1596bbee 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test +++ b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test @@ -1,75 +1,33 @@ -// TODO nf-core: Once you have added the required tests, please run the following command to build this file: -// nf-core modules test ciri2 nextflow_process { name "Test Process CIRI2" script "../main.nf" process "CIRI2" - tag "modules" - tag "modules_nfcore" - tag "ciri2" - - // TODO nf-core: Change the test name preferably indicating the test-data and file-format used - test("sarscov2 - bam") { - - // TODO nf-core: If you are created a test for a chained module - // (the module requires running more than one process to generate the required output) - // add the 'setup' method here. - // You can find more information about how to use a 'setup' method in the nf-test docs (https://www.nf-test.com/docs/testcases/setup/). + test("homo_sapiens - sam - pairedend") { when { process { """ - // TODO nf-core: define inputs of the process here. Example: - input[0] = [ - [ id:'test' ], - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/bam/test.paired_end.sorted.bam', checkIfExists: true), + [ id:'test', single_end: false ], + file("/home/razmia/nf-core-modules/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/sample.sam", checkIfExists: true) ] + input[1] = file("/home/razmia/nf-core-modules/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/chr1.fa") + input[2] = [] + input[3] = [] """ } } then { - assert process.success assertAll( + { assert process.success }, { assert snapshot( - process.out, - process.out.findAll { key, val -> key.startsWith('versions') } + file(process.out.circrna[0][1]).name, + process.out.logfile ? file(process.out.logfile[0][1]).name : null ).match() } - //TODO nf-core: Add all required assertions to verify the test output. - // See https://nf-co.re/docs/developing/testing/assertions for more information and examples. - ) - } - - } - - // TODO nf-core: Change the test name preferably indicating the test-data and file-format used but keep the " - stub" suffix. - test("sarscov2 - bam - stub") { - - options "-stub" - - when { - process { - """ - // TODO nf-core: define inputs of the process here. Example: - - input[0] = [ - [ id:'test' ], - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/bam/test.paired_end.sorted.bam', checkIfExists: true), - ] - """ - } - } - - then { - assert process.success - assertAll( - { assert snapshot(process.out).match() } ) } - } - } diff --git a/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/chr1.fa b/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/chr1.fa new file mode 100644 index 000000000000..4ca37e7e286b --- /dev/null +++ b/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/chr1.fa @@ -0,0 +1,2 @@ +>chr1 +AACTTTTTAGATAGTAGGTGGTATTCAATAATACTTATGTTTTCACTAGATCATCTGTACATAACTATTTTTCTCAAAAGAGTTATTTATTTAAATCAAACAGGTTTGACAAGGCTCTAGGATGCAGTTGTCAATAGTATCCTTAACACAACAGATACCATGAAACCAAACACATAGAGCCAAGCAAGCATTAACAAGTTCTGTAGAGCCCAGCTCAAGCTAAAGTGATCATTGGATTCAATACAATCAAGATCATTTGGCCTAATAAAAGGTTCGGGATTCTCAAGAGAACCTGGGCAAAGCCAAATTAAGAGAAAAGGCAATGTGAAAGAAAAATTAAACACTTCACTGTGGGTTTTTTTTCCATtttttttaattgtggtaaaatacacataatacaaatgtactacagtatcttagccatttttaagtaccatatacagttcaatggtattaagcacatcaatattgttgtgcaatcatgaccaccatccaactccagaattcttttcactttgcaaaactgaaacactatattcattaaacaataagtctccattctccctgttccccctaacccttggcaaccaccattctactttctgtctctatattttttattgctttatgtacttTGTGCtttttgagacagggtttcgctcttgttgcccaggctggagtgcaatggcacagtctcagctcactgcaacctccgcctcccaggttcaagcgattctcctgtctcagcctcccaagaagctgggattacaggcgtgagccaccacgcctggttGctctaggtactttgaataagtgaaatcatacatatagtatttgtctttttttgtgactggcttattttacctagcataatgtcctcaaggttcatccatattgtagcatatgtcagaatttccttcctttttaaggctgaataatattccattgtgtatatatagcatattttatcaattcatatgctgatgaacatttggTGAACTGTACTGTTTTTATGAATTACAATTATATATTAATAATCTCTAGTATCGGCTATATTCAATAAATATACTAGAAAAATAGTTGAATTGATGGTGAGTTAGGAAATTCAGTTTTGTTTCCAAATCTCAAAAGATACCAGAGAGAATATATTTATCTATACAGTTAATTAGATGAATAATTTTTGTCAAAATTGTTATAAGTTTAATAGGAAAGTTTCAGTGATAAAACAACAACCCCTACTGTGGTATGTTGACAGAAGGACCCATCCACCCACAAACTGTTGCTTGATTAAACCCATTGTCCAGGGTTCTGATATCAGCAGGCTATGGAACACCAACAATTCTATCTATATTTGAATTGTGATTCAAGCGAGGTCATTCTTGATACTTAGAAGACTTATGTTTGGCACATAAGTAACTATAGTAAGTAACTGCATTTATGACCCTATTGCTTAAGGATGCTTTAGATTTGTAGAAGCAATAGCTCAAGAATGAACTTACTGGAGGGTCCAAGAGAAGTTTCAACAATTTAGCCCAAAGAAAGCTCAAGGAAAGCGTTTATTTGCCACTGTCTCCAGTAGAGGTTGTTCATTCTCTCAGAGTCCACAGTCTCCAGGACAAGCAATTTGGTGGTTGCATTCTCTTGGCttcccatttttcatataagaaacagaggatccaaaatatttcagtaactcaccctaggtcatatagcagggaagttgcaATGGGTTCTCCAAAGATGCTGTCGTCTCTGAAATCTTAAAAGTCCAGTAATCCACAACCTATACAAATCTCCTATCCCTCCATCTGTTTACCCCTCATACTCTCCACACCCCTCTTTTAGCACCACAGCCAGCTCAAGTTCTAGATATCTTCATTTTCTCTGAGTCTATCTAGAAGAGCCCAGGTCCCATAGTCAAACTGTTCATGCACTGGTTCTCTCTTGTCCTTACATACATAATTCATGAACTCCTAATGTTGGATCAGTCAAACTGATTTCTCTGCTACTGCATTCTAAGTACAGCTGGGGAAAATTACACCTGTGGATTGATAACAATACAAATTTTTAAATATCAAATTTAAGTTAGAAAACGCTtctctcattccttcagtcacgattctaaactttaaccaccatcttcctttatgaccatcaccttgctccttctcaaaagatgacctaatctcccagttcacttagaaaattgaggccttggtgtggatgggaaggaatttccttaccctccaggccctacatttataaggctgtttacagctgaatctatccttatctcacacaagtttctgaacaaaaacccttccctctagcgtagaggaaatgccccttcaaaatgccccttctgttcaaggttaacattccccgttattgttcatagttttatccccttctgcttcctcagggaatttgtgccattaatgtttcatttatcttctatattttccatttctctttctctcctggattcctccctacagcccacagcaccctcattttaaaacaaataaagcaaaagtcagcttcataaaacattcgttggaacctgtgtctcctttaaactgctgagcttcctcacaaatgagcttcttgaaatgtacaccaaatctctcctctctacttcctcaactcccatttgctcttcaaaccacttgaattgggcttccatttccaccagttcactgaaactgttctagcaaatgtctgtagcagctgtacttgtcaccctttcatgattactattgtttacctatgtgttctgttttgtcatTGAATATAGCTTTGAATTTTTGTCTGTGCAGTTACTGCACAGTTTTTCTTGTTTTTGTTTTTTGAGAGACTTTTGCTCTTGTCACCCAGgcccgccaccacactggctaattttgtatttttagtagagacagggtttcaccatgttggctgggctgggtcctcgaactcctgacctcaggtgattcacctgccttggcctctcaaagtattgggattacaggcatgagccatggcacctggccTCtattttttatttttatttttatCCCCTTATCTGATTTTTCATTGTATTCTTGATTGTGCCCAGCAAGAAGAAATCTAACGAATATTTGTTAAATAAATTAAAGAAAAATTTAAGTAACATGAAAGAGCACGATGCCACCATATTTTAGATGAGGCACAAGGCTAGGCCTAAACAAAACTTTTCTCTGGTGACAACTACCTGCATTATACTCCTCATTAACCTCATCTTGCTGTTTCTGGCTCAGTGCTCTTCTGCTGTCCCACAGAGCCTGTTACTTTCCCTTCTACTGCCATAAAATTTACCTGTCCTATTTTTTATTTCCTCAGGGTCTAAGATTTCAGCCAGCAAGTCAGACAAACTAATTTTCATTAATAGAGAACAGTAATTGGAGAAGCCAAAAGAAGCACATGCCTAGGCAATAAATGTGCATTTTTAATAAAACGCTGTGCTTTTTCtaattataaaatacatttttattattgaaaaaattttaaGCACCAAAATATAGAAAATAAAAAGCACACACACACAAAAATCAGACAAGTCATAACATTTTGGTTTTaatatagcatagtagttaagagcccagactctgctgcctaagcttgaatcccagctctaccaccttccagctctttgaccttgggcaagtgacttaacctgtctatgtctcagctttatcatctgtaaagcagagatagtgatagtacctattattgctatgagaattaaatgagctaacatatgtgaagtgcttaaaacactctctggcacataataaggtctatgttaagtatttgctattattGTTTTGGCAAATATCCTTCCAGATAGATAAGACAGACCAACAGAGAAGAGATATAACTATAAACACACATACTTTAAAAAGTATTGGAACCATTCTTTACCTATGTTTTCTTATTTGCTTTTGTCACTTAAAAGCACACCATAAggccaggcacggtggctcatgcctgtaatcccagcactttgggaggctgaggcgggtggatcacttgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaaattagctgggcattgtagcacacacctgtaatcccagctactcaagaggctgaggcaggagaatcgcttgaacccgggaggcggaggttgcagtgagccgaaatcccgccattgcactccagcctgggcaataagagcgaaattctgtctcaaaaaaataaaagaaaaaaaaaaaGCACACCATGAggccaggcatggtggctcaagactgtagtccagcacttttggcggctaaattgggaggactgcttgagcccaggagttccgagactagcttgggcaacatagcaagaacctgtctacagaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagccaggtatggtggtgcatgcctgtagtcctagctacttggtaaattgaggtgggaggattgattgagaccaggagtttaaggctgcagtgagacatgatcttgccactgtactctagcctgggcgacagagcaaaatcctgttaaaagaagaaaagaagaaaaagaagaggaagaagaggaggaagaggaataagaagaagaagaaggaggaggaggaggaggaggaagaagaagaagaagaaAGTATACCATGAGTATCTTCCCACATTTTAAAATTCTTCAACAGTAGATGTTTCAAACTGGTAAACCTGTGGATAGAATTTAATCGTGTCTTGGCCAAAACAGTATTCTTTTATAATGTAAATTAATGCCTCCACGTggaatataaactctccagttcaccaccgtcctcaccaatccctagtgtcttcacacatatactttacttgctaaacaactgaaggcatttgagtttttaaccccCaacataatttttagtaactgcatattatcttattacatgactaggacattctgtaattact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NM:i:0 AS:i:100 XS:i:0 +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60331 99 chr1 1375462 60 100M = 1375712 350 TAGACGTGACCAACCATAGTTCTTGAACTTTCTCAAAGGCAAAGGCTGACTTCAAAGTCCATTGTCTGTCAATAAAATGGCATCAGGCAAAAAGCTGGGG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:100 XS:i:0 +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60331 147 chr1 1375712 60 100M = 1375462 -350 GGGAGAAATGGGTGGTAACAAATGTCACACCTGTACCACCAGGCGCATCACATCTTGAGCATTCCCCAGTCTGTGAAAGCCTATTAAACAGGGTCACCTA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:1 AS:i:95 XS:i:0 +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60332 83 chr1 1377371 60 100M = 1377621 152 CTCAATTGTCTCTTCATGGGATGATCTGGGTCGTGGAGTGGAAGACTCAGAATGTTCCCCACTCAGCTTCATTTGCTCCTCTAGGGAGGCAATTAGCTCC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 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NM:i:2 AS:i:90 XS:i:19 +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60950 81 chr1 1414557 60 46S54M = 1379441 -35170 GCAGCGATGGGCACTGGAGTCGAGACTGGCTGCTGGCTCACAGAAACTGTGGTAGTTTTATCCACTGAATTATAATCTTCAACTACAGAGTCCTCAATGA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:54 XS:i:0 SA:Z:chr1,1413517,-,52M48S,60,1; +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60950 2129 chr1 1413517 60 52M48H = 1379441 -34128 GCAGCGATGGGCACTGGAGTCGAGACTGGCTGCTGGCTCACAGAAACTGTGG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:1 AS:i:47 XS:i:20 SA:Z:chr1,1414557,-,46S54M,60,0; +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60950 161 chr1 1379441 60 61M39S = 1414557 35170 CCATAGCATCGCCCACAGAGATAACCAAGGTACATGAAGTGCAGGCCAGCTTGATTCCACTCACAGATTTTTTAAACAAAGCCAAATACTTGGGGCTCTT !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 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NM:i:2 AS:i:87 XS:i:19 +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60961 81 chr1 1384795 60 78M22S = 1396442 11571 CAGGCTTATGAGTATCCTTCATATGCTGGAGAAATAGTGGCTCACTTTCAAACGCCCATTCACAGATCTTGCACTTGGTAGTAGATTCATAGGGACTATG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:78 XS:i:0 SA:Z:chr1,1395873,-,78S22M,13,0; +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60961 2129 chr1 1395873 13 78H22M = 1396442 549 TAGTAGATTCATAGGGACTATG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:22 XS:i:0 SA:Z:chr1,1384795,-,78M22S,60,0; +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60961 161 chr1 1396442 60 100M = 1384795 -11571 CCTTTTGGTACAATGTGGGCATCGGAAAGATGTGGCGACCTTAGGGAAATTTGTGAGCTGGGCTACTTTGCCACCATCCCGTCCATAGTAGAAGTCATCT !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 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NM:i:0 AS:i:63 XS:i:0 SA:Z:chr1,1395991,-,38M62S,55,0; +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60962 2193 chr1 1395991 55 38M62H = 1384770 -11259 ATCGAGTTCTACGTGGTGTTTCATATGGTTCATGAATC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:38 XS:i:0 SA:Z:chr1,1396425,-,37S63M,60,0; +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60963 83 chr1 1413404 60 12S88M = 1414636 1146 GGGTACCTGGGGCATTGTTGTTGGCAATTAGTGTGACAAGAGTCTTCTTTGTACTGTCGCTGTTCTGTGCCCCGCTGCTACTAACGGTGGTGGATGTAGA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:88 XS:i:0 +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60963 163 chr1 1414636 57 48M52S = 1413404 -1146 CAACTCCTCCTCCTCACATTCCATGAACAGTTCGGTGTCCGCCATGCTTGAGTGAGCTATCCAAGTGAGTCCCCGTGGCAGGATGCTGCTGGATCTGTGA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 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NM:i:0 AS:i:46 XS:i:19 SA:Z:chr1,1396709,-,54M46S,60,0; +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60968 161 chr1 1400388 60 100M = 1396709 -3627 AGGGAAGGGATGGTGTTAAGGGTATTCACCAATTTGGCCACTTCATTGCTATTTTCGCCTGTAACACAAGGTCGCTTCACAGTGACAAAGCTGGCACTGC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:2 AS:i:91 XS:i:0 +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60969 83 chr1 1379441 60 61M39S = 1380884 1384 GCATAGCATCGCCCACAGAGGTAACAAAGGTACATGAAGTGCAGGCCAGCTTGATTCCACTCACAGAATTTTTAAACAAAGCCAAATACTTGGGGCTCTT !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:1 AS:i:60 XS:i:0 SA:Z:chr1,1379711,-,59S41M,57,0; +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60969 2131 chr1 1379711 57 59H41M = 1380884 1134 CTCACAGAATTTTTAAACAAAGCCAAATACTTGGGGCTCTT !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:41 XS:i:20 SA:Z:chr1,1379441,-,61M39S,60,1; +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60969 163 chr1 1380884 60 6S94M = 1379441 -1384 GACACTCATTTTCCAAACAGCTCTCTTCTAGATGCTGCGCTGGACAGGGGGATAAAGGAAGACAGGCAGAGGGTCCATTGAGGAGGTCAGCGGTGCTGCC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:2 AS:i:84 XS:i:21 +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60970 83 chr1 1381176 60 100M = 1384770 3496 GCCTGGTTTCAAGCCCTCCAGCTGCTTGGGTTTACGGAAGGTTTTATGGTGTTGAAGCTTGTGTTCAATTTTGTCCTTGGCAAAGAGAAACTGCAGCCGG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:100 XS:i:0 +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60970 163 chr1 1384770 60 24S76M = 1381176 -3496 TAGAGTGAGGAGCGATATTGACACACCTGGCAAACATAAGGCATCTCTCCAGGCATATGAGTATCCTTCATATGCTGGAGAAATAGTGGCTCACTTTCAA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 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NM:i:1 AS:i:46 XS:i:20 SA:Z:chr1,1400599,-,46S54M,60,0; +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60971 163 chr1 1400803 60 88M12S = 1400599 -152 GCATTGTGGAGCCTGGCCTCACAGGGGTCATCTGGGAGAACACTTGTGGAACTCCAACTGTCGGCTTAACAAACTGGGTACCTGGGGCATTGTTGTTGGC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:88 XS:i:0 +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60972 81 chr1 1413460 60 100M = 1379386 -34174 GCCCCGCTGCTACTAACGGTGGTGGATGTAGAGACGTGCCCAGCAACAGAAGCATGGGCAGCGATGGGCACTGGAGCCGAGACTGGCTGCTGGCTCACAG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:1 AS:i:95 XS:i:0 +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60972 161 chr1 1379386 60 2S98M = 1413460 34174 GTCCCCGTGGCAGGATGCTGCTGGATCTGTGAGAGGGGTTGAATACCAAATGCTTGGCCATAGCATCGCCCACAGAGGTAACAAAGGTACATGAAGTGCA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 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NM:i:1 AS:i:95 XS:i:0 +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60974 147 chr1 1396696 60 67M33S = 1396446 -317 GGACACTGGGTTCTGAATCCAGGGACTTTCCTTTCTTCTGGTATTCAACCATTTCTGGGCAACAGTAACACATGTGACCTCTCAAAGCTTCAGTAACACG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:67 XS:i:0 SA:Z:chr1,1397431,-,67S33M,45,0; +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60974 2195 chr1 1397431 45 67H33M = 1396446 -1018 ACACATGTGACCTCTCAAAGCTTCAGTAACACG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:33 XS:i:19 SA:Z:chr1,1396696,-,67M33S,60,0; +GFGG-GA2-1:2:33:2000:60975 83 chr1 1400299 60 32S68M = 1400598 233 CTGGAGGTCAAATACTGGGATGGAAGAGGTCACTTTCATTGAAGACTCAGGTCCGCTGGTTCTTTGAGAGCCATGAGCAGAGCTGTTGTTGGACACCACC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 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NM:i:0 AS:i:100 XS:i:0 +GFGG-GA2-1:2:33:2000:61010 145 chr1 1384770 60 22S78M = 1381178 -3670 GAGTGAGGAGCGATATTGACACACCTGGCAAACATAAGGCATCTCTCCAGGCTTATGAGTATCCTTCATATGCTGGAGAAATAGTGGCTCACTTTCAAAC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:78 XS:i:0 SA:Z:chr1,1384224,-,27M73S,29,0; +GFGG-GA2-1:2:33:2000:61010 2193 chr1 1384224 29 27M73H = 1381178 -3073 GAGTGAGGAGCGATATTGACACACCTG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:27 XS:i:0 SA:Z:chr1,1384770,-,22S78M,60,0; +GFGG-GA2-1:2:33:2000:61011 81 chr1 1400599 60 10S90M = 1413404 12717 AAGGAGGGAGCTAGCTTGGGATTCGTGGTCTGGTTTGACTGGCCTGGAGACTGAACAGCTAGTTGCCCCAGTGAGGTTGGCTGTGTGGCAGTGGGAGTGG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 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NM:i:0 AS:i:47 XS:i:0 SA:Z:chr1,9683876,+,53M47S,60,0; From 009f71bfb2465b8e7ee79247eac6bf6156823739 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: razmia02 Date: Wed, 22 Jul 2026 20:00:39 +0500 Subject: [PATCH 6/9] Tests passed for local dataset --- modules/nf-core/ciri2/environment.yml | 1 - modules/nf-core/ciri2/main.nf | 54 +- modules/nf-core/ciri2/meta.yml | 18 +- modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test | 4 +- modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test.snap | 13 + modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/chr1.fa | 2 - .../nf-core/ciri2/tests/test_data/sample.sam | 37236 ---------------- .../ciri2/tests/test_data/test-datasets | 1 + 8 files changed, 35 insertions(+), 37294 deletions(-) create mode 100644 modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test.snap delete mode 100644 modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/chr1.fa delete mode 100644 modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/sample.sam create mode 160000 modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/test-datasets diff --git a/modules/nf-core/ciri2/environment.yml b/modules/nf-core/ciri2/environment.yml index bb298e178f57..377d1c78fa25 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/environment.yml +++ b/modules/nf-core/ciri2/environment.yml @@ -1,5 +1,4 @@ --- -# yaml-language-server: $schema=https://raw.githubusercontent.com/nf-core/modules/master/modules/environment-schema.json channels: - conda-forge - bioconda diff --git a/modules/nf-core/ciri2/main.nf b/modules/nf-core/ciri2/main.nf index fa9b69b960ad..c7de332abf14 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/main.nf +++ b/modules/nf-core/ciri2/main.nf @@ -1,50 +1,28 @@ -// TODO nf-core: If in doubt look at other nf-core/modules to see how we are doing things! :) -// https://github.com/nf-core/modules/tree/master/modules/nf-core/ -// You can also ask for help via your pull request or on the #modules channel on the nf-core Slack workspace: -// https://nf-co.re/join -// TODO nf-core: A module file SHOULD only define input and output files as command-line parameters. -// All other parameters MUST be provided using the "task.ext" directive, see here: -// https://www.nextflow.io/docs/latest/process.html#ext -// where "task.ext" is a string. -// Any parameters that need to be evaluated in the context of a particular sample -// e.g. single-end/paired-end data MUST also be defined and evaluated appropriately. -// TODO nf-core: Software that can be piped together SHOULD be added to separate module files -// unless there is a run-time, storage advantage in implementing in this way -// e.g. it's ok to have a single module for bwa to output BAM instead of SAM: -// bwa mem | samtools view -B -T ref.fasta -// TODO nf-core: Optional inputs are not currently supported by Nextflow. However, using an empty -// list (`[]`) instead of a file can be used to work around this issue. process CIRI2 { tag "$meta.id" label 'process_single' - // TODO nf-core: See section in main README for further information regarding finding and adding container addresses to the section below. + conda "${moduleDir}/environment.yml" container "${ workflow.containerEngine in ['singularity', 'apptainer'] && !task.ext.singularity_pull_docker_container ? 'https://depot.galaxyproject.org/singularity/ciri2:2.0.6--pl5321hdfd78af_0': 'quay.io/biocontainers/ciri2:2.0.6--pl5321hdfd78af_0' }" - input:// TODO nf-core: Where applicable all sample-specific information e.g. "id", "single_end", "read_group" - // MUST be provided as an input via a Groovy Map called "meta". - // This information may not be required in some instances e.g. indexing reference genome files: - // https://github.com/nf-core/modules/blob/master/modules/nf-core/bwa/index/main.nf - // TODO nf-core: Where applicable please provide/convert compressed files as input/output - // e.g. "*.fastq.gz" and NOT "*.fastq", "*.bam" and NOT "*.sam" etc. + input: tuple val(meta), path(sam) // Required -I sam_file path fasta // optional -F reference fasta file path annotation // optional -A GTF or GFF3 annotation file path ref_dir // optional -R reference directory path output: - // TODO nf-core: Named file extensions MUST be emitted for ALL output channels + tuple val(meta), path("*.txt"), emit: circrna - tuple val(meta), path("*.log"), emit: logfile, optional: true + tuple val(meta), path("*.txt.log"), emit: logfile, optional: true + tuple val(meta), path("CIRIerror.log"), emit: error_log, optional: true + - // TODO nf-core: Update the command here to obtain the version number of the software used in this module - // TODO nf-core: If multiple software packages are used in this module, all MUST be added here - // by copying the line below and replacing the current tool with the extra tool(s) - tuple val("${task.process}"), val('CIRI2.pl'), eval("CIRI2.pl --version"), topic: versions, emit: versions_ciri2_pl + tuple val("${task.process}"), val('CIRI2.pl'), val("2.0.6"), topic: versions when: task.ext.when == null || task.ext.when @@ -54,15 +32,7 @@ process CIRI2 { def prefix = task.ext.prefix ?: "${meta.id}" def anno = annotation ? "-A ${annotation}" : "" def reference = fasta ? "-F ${fasta}" : "-R ${ref_dir}" - // TODO nf-core: Where possible, a command MUST be provided to obtain the version number of the software e.g. 1.10 - // If the software is unable to output a version number on the command-line then it can be manually specified - // e.g. https://github.com/nf-core/modules/blob/master/modules/nf-core/homer/annotatepeaks/main.nf - // Each software used MUST provide the software name and version number in the YAML version file (versions.yml) - // TODO nf-core: It MUST be possible to pass additional parameters to the tool as a command-line string via the "task.ext.args" directive - // TODO nf-core: If the tool supports multi-threading then you MUST provide the appropriate parameter - // using the Nextflow "task" variable e.g. "--threads $task.cpus" - // TODO nf-core: Please replace the example samtools command below with your module's command - // TODO nf-core: Please indent the command appropriately (4 spaces!!) to help with readability ;) + """ CIRI2.pl \\ -I $sam \\ @@ -76,13 +46,7 @@ process CIRI2 { stub: def args = task.ext.args ?: '' def prefix = task.ext.prefix ?: "${meta.id}" - // TODO nf-core: A stub section should mimic the execution of the original module as best as possible - // Have a look at the following examples: - // Simple example: https://github.com/nf-core/modules/blob/624977dfaf562211e68a8a868ca80acc8461f1ac/modules/nf-core/cutadapt/main.nf#L34-L46 - // Complex example: https://github.com/nf-core/modules/blob/88d43dad73a675e66bff49ebb57fe657a5909018/modules/nf-core/bedtools/split/main.nf#L32-L43 - // TODO nf-core: If the module doesn't use arguments ($args), you SHOULD remove: - // - The definition of args `def args = task.ext.args ?: ''` above. - // - The use of the variable in the script `echo $args ` below. + """ echo $args diff --git a/modules/nf-core/ciri2/meta.yml b/modules/nf-core/ciri2/meta.yml index d4d47cbba5d6..28b16a888c9a 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/meta.yml +++ b/modules/nf-core/ciri2/meta.yml @@ -53,7 +53,10 @@ output: type: file description: Output file containing circRNA list pattern: "*.{txt}" - ontologies: [] + - "CIRIerror.log": + type: file + description: Error log file from CIRI2.pl + pattern: "CIRIerror.log" logfile: - - meta: type: map @@ -64,18 +67,17 @@ output: type: file description: Output logfile pattern: "*.{log}" - ontologies: [] topics: versions: - - - ${task.process}: + - - "${task.process}": type: string description: The name of the process - - CIRI2.pl: + - "CIRI2.pl": + type: string + description: The name of the tool used to detect circular RNAs + - versions: type: string - description: The name of the tool - - CIRI2.pl --version: - type: eval - description: The expression to obtain the version of the tool + description: The version of CIRI2.pl used authors: - "@razmia02" maintainers: diff --git a/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test index 0a5f1596bbee..faf8d145bc76 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test +++ b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test @@ -11,9 +11,9 @@ nextflow_process { """ input[0] = [ [ id:'test', single_end: false ], - file("/home/razmia/nf-core-modules/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/sample.sam", checkIfExists: true) + file("/home/razmia/nf-core-modules/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/test-datasets/sample.sam", checkIfExists: true) ] - input[1] = file("/home/razmia/nf-core-modules/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/chr1.fa") + input[1] = file("/home/razmia/nf-core-modules/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/test-datasets/chr1.fa") input[2] = [] input[3] = [] """ diff --git a/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test.snap b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test.snap new file mode 100644 index 000000000000..da1c72e0b0dc --- /dev/null +++ b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test.snap @@ -0,0 +1,13 @@ +{ + "homo_sapiens - sam - pairedend": { + "content": [ + "test.txt", + "test.txt.log" + ], + "timestamp": "2026-07-22T19:49:36.32556299", + "meta": { + "nf-test": "0.9.5", + "nextflow": "26.04.3" + } + } +} \ No newline at end of file diff --git a/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/chr1.fa b/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/chr1.fa deleted file mode 100644 index 4ca37e7e286b..000000000000 --- a/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/chr1.fa +++ /dev/null @@ -1,2 +0,0 @@ ->chr1 -AACTTTTTAGATAGTAGGTGGTATTCAATAATACTTATGTTTTCACTAGATCATCTGTACATAACTATTTTTCTCAAAAGAGTTATTTATTTAAATCAAACAGGTTTGACAAGGCTCTAGGATGCAGTTGTCAATAGTATCCTTAACACAACAGATACCATGAAACCAAACACATAGAGCCAAGCAAGCATTAACAAGTTCTGTAGAGCCCAGCTCAAGCTAAAGTGATCATTGGATTCAATACAATCAAGATCATTTGGCCTAATAAAAGGTTCGGGATTCTCAAGAGAACCTGGGCAAAGCCAAATTAAGAGAAAAGGCAATGTGAAAGAAAAATTAAACACTTCACTGTGGGTTTTTTTTCCATtttttttaattgtggtaaaatacacataatacaaatgtactacagtatcttagccatttttaagtaccatatacagttcaatggtattaagcacatcaatattgttgtgcaatcatgaccaccatccaactccagaattcttttcactttgcaaaactgaaacactatattcattaaacaataagtctccattctccctgttccccctaacccttggcaaccaccattctactttctgtctctatattttttattgctttatgtacttTGTGCtttttgagacagggtttcgctcttgttgcccaggctggagtgcaatggcacagtctcagctcactgcaacctccgcctcccaggttcaagcgattctcctgtctcagcctcccaagaagctgggattacaggcgtgagccaccacgcctggttGctctaggtactttgaataagtgaaatcatacatatagtatttgtctttttttgtgactggcttattttacctagcataatgtcctcaaggttcatccatattgtagcatatgtcagaatttccttcctttttaaggctgaataatattccattgtgtatatatagcatattttatcaattcatatgctgatgaacatttggTGAACTGTACTGTTTTTATGAATTACAATTATATATTAATAATCTCTAGTATCGGCTATATTCAATAAATATACTAGAAAAATAGTTGAATTGATGGTGAGTTAGGAAATTCAGTTTTGTTTCCAAATCTCAAAAGATACCAGAGAGAATATATTTATCTATACAGTTAATTAGATGAATAATTTTTGTCAAAATTGTTATAAGTTTAATAGGAAAGTTTCAGTGATAAAACAACAACCCCTACTGTGGTATGTTGACAGAAGGACCCATCCACCCACAAACTGTTGCTTGATTAAACCCATTGTCCAGGGTTCTGATATCAGCAGGCTATGGAACACCAACAATTCTATCTATATTTGAATTGTGATTCAAGCGAGGTCATTCTTGATACTTAGAAGACTTATGTTTGGCACATAAGTAACTATAGTAAGTAACTGCATTTATGACCCTATTGCTTAAGGATGCTTTAGATTTGTAGAAGCAATAGCTCAAGAATGAACTTACTGGAGGGTCCAAGAGAAGTTTCAACAATTTAGCCCAAAGAAAGCTCAAGGAAAGCGTTTATTTGCCACTGTCTCCAGTAGAGGTTGTTCATTCTCTCAGAGTCCACAGTCTCCAGGACAAGCAATTTGGTGGTTGCATTCTCTTGGCttcccatttttcatataagaaacagaggatccaaaatatttcagtaactcaccctaggtcatatagcagggaagttgcaATGGGTTCTCCAAAGATGCTGTCGTCTCTGAAATCTTAAAAGTCCAGTAATCCACAACCTATACAAATCTCCTATCCCTCCATCTGTTTACCCCTCATACTCTCCACACCCCTCTTTTAGCACCACAGCCAGCTCAAGTTCTAGATATCTTCATTTTCTCTGAGTCTATCTAGAAGAGCCCAGGTCCCATAGTCAAACTGTTCATGCACTGGTTCTCTCTTGTCCTTACATACATAATTCATGAACTCCTAATGTTGGATCAGTCAAACTGATTTCTCTGCTACTGCATTCTAAGTACAGCTGGGGAAAATTACACCTGTGGATTGATAACAATACAAATTTTTAAATATCAAATTTAAGTTAGAAAACGCTtctctcattccttcagtcacgattctaaactttaaccaccatcttcctttatgaccatcaccttgctccttctcaaaagatgacctaatctcccagttcacttagaaaattgaggccttggtgtggatgggaaggaatttccttaccctccaggccctacatttataaggctgtttacagctgaatctatccttatctcacacaagtttctgaacaaaaacccttccctctagcgtagaggaaatgccccttcaaaatgccccttctgttcaaggttaacattccccgttattgttcatagttttatccccttctgcttcctcagggaatttgtgccattaatgtttcatttatcttctatattttccatttctctttctctcctggattcctccctacagcccacagcaccctcattttaaaacaaataaagcaaaagtcagcttcataaaacattcgttggaacctgtgtctcctttaaactgctgagcttcctcacaaatgagcttcttgaaatgtacaccaaatctctcctctctacttcctcaactcccatttgctcttcaaaccacttgaattgggcttccatttccaccagttcactgaaactgttctagcaaatgtctgtagcagctgtacttgtcaccctttcatgattactattgtttacctatgtgttctgttttgtcatTGAATATAGCTTTGAATTTTTGTCTGTGCAGTTACTGCACAGTTTTTCTTGTTTTTGTTTTTTGAGAGACTTTTGCTCTTGTCACCCAGgcccgccaccacactggctaattttgtatttttagtagagacagggtttcaccatgttggctgggctgggtcctcgaactcctgacctcaggtgattcacctgccttggcctctcaaagtattgggattacaggcatgagccatggcacctggccTCtattttttatttttatttttatCCCCTTATCTGATTTTTCATTGTATTCTTGATTGTGCCCAGCAAGAAGAAATCTAACGAATATTTGTTAAATAAATTAAAGAAAAATTTAAGTAACATGAAAGAGCACGATGCCACCATATTTTAGATGAGGCACAAGGCTAGGCCTAAACAAAACTTTTCTCTGGTGACAACTACCTGCATTATACTCCTCATTAACCTCATCTTGCTGTTTCTGGCTCAGTGCTCTTCTGCTGTCCCACAGAGCCTGTTACTTTCCCTTCTACTGCCATAAAATTTACCTGTCCTATTTTTTATTTCCTCAGGGTCTAAGATTTCAGCCAGCAAGTCAGACAAACTAATTTTCATTAATAGAGAACAGTAATTGGAGAAGCCAAAAGAAGCACATGCCTAGGCAATAAATGTGCATTTTTAATAAAACGCTGTGCTTTTTCtaattataaaatacatttttattattgaaaaaattttaaGCACCAAAATATAGAAAATAAAAAGCACACACACACAAAAATCAGACAAGTCATAACATTTTGGTTTTaatatagcatagtagttaagagcccagactctgctgcctaagcttgaatcccagctctaccaccttccagctctttgaccttgggcaagtgacttaacctgtctatgtctcagctttatcatctgtaaagcagagatagtgatagtacctattattgctatgagaattaaatgagctaacatatgtgaagtgcttaaaacactctctggcacataataaggtctatgttaagtatttgctattattGTTTTGGCAAATATCCTTCCAGATAGATAAGACAGACCAACAGAGAAGAGATATAACTATAAACACACATACTTTAAAAAGTATTGGAACCATTCTTTACCTATGTTTTCTTATTTGCTTTTGTCACTTAAAAGCACACCATAAggccaggcacggtggctcatgcctgtaatcccagcactttgggaggctgaggcgggtggatcacttgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaaattagctgggcattgtagcacacacctgtaatcccagctactcaagaggctgaggcaggagaatcgcttgaacccgggaggcggaggttgcagtgagccgaaatcccgccattgcactccagcctgggcaataagagcgaaattctgtctcaaaaaaataaaagaaaaaaaaaaaGCACACCATGAggccaggcatggtggctcaagactgtagtccagcacttttggcggctaaattgggaggactgcttgagcccaggagttccgagactagcttgggcaacatagcaagaacctgtctacagaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagccaggtatggtggtgcatgcctgtagtcctagctacttggtaaattgaggtgggaggattgattgagaccaggagtttaaggctgcagtgagacatgatcttgccactgtactctagcctgggcgacagagcaaaatcctgttaaaagaagaaaagaagaaaaagaagaggaagaagaggaggaagaggaataagaagaagaagaaggaggaggaggaggaggaggaagaagaagaagaagaaAGTATACCATGAGTATCTTCCCACATTTTAAAATTCTTCAACAGTAGATGTTTCAAACTGGTAAACCTGTGGATAGAATTTAATCGTGTCTTGGCCAAAACAGTATTCTTTTATAATGTAAATTAATGCCTCCACGTggaatataaactctccagttcaccaccgtcctcaccaatccctagtgtcttcacacatatactttacttgctaaacaactgaaggcatttgagtttttaaccccCaacataatttttagtaactgcatattatcttattacatgactaggacattctgtaattact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NM:i:0 AS:i:100 XS:i:0 -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60331 99 chr1 1375462 60 100M = 1375712 350 TAGACGTGACCAACCATAGTTCTTGAACTTTCTCAAAGGCAAAGGCTGACTTCAAAGTCCATTGTCTGTCAATAAAATGGCATCAGGCAAAAAGCTGGGG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:100 XS:i:0 -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60331 147 chr1 1375712 60 100M = 1375462 -350 GGGAGAAATGGGTGGTAACAAATGTCACACCTGTACCACCAGGCGCATCACATCTTGAGCATTCCCCAGTCTGTGAAAGCCTATTAAACAGGGTCACCTA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:1 AS:i:95 XS:i:0 -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60332 83 chr1 1377371 60 100M = 1377621 152 CTCAATTGTCTCTTCATGGGATGATCTGGGTCGTGGAGTGGAAGACTCAGAATGTTCCCCACTCAGCTTCATTTGCTCCTCTAGGGAGGCAATTAGCTCC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 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NM:i:0 AS:i:100 XS:i:0 -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60945 147 chr1 1400451 60 70M30S = 1397440 -3081 ACACCAGGTCGCTTCACAGTGACAAAGCTGGCAATGCTCACTGCAGGTGGAGAGGGGAAGGAGGGAGCTAGCTTGGGATTCGTGGTCTGGTTTGACTGGC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:70 XS:i:20 SA:Z:chr1,1400599,-,67S33M,45,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60945 2195 chr1 1400599 45 67H33M = 1397440 -3192 CTAGCTTGGGATTCGTGGTCTGGTTTGACTGGC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:33 XS:i:0 SA:Z:chr1,1400451,-,70M30S,60,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60946 83 chr1 1413404 60 47S53M = 1414601 1146 CACTTGTGGAACTCCAACTGTCGGCTTAACAAACTGGGTACCTGGGGCATTGTTGTTGGCAATTAGTGTGACAAGAGTCTTCTTTGTACTGTCGCTGTTC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 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NM:i:2 AS:i:90 XS:i:19 -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60950 81 chr1 1414557 60 46S54M = 1379441 -35170 GCAGCGATGGGCACTGGAGTCGAGACTGGCTGCTGGCTCACAGAAACTGTGGTAGTTTTATCCACTGAATTATAATCTTCAACTACAGAGTCCTCAATGA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:54 XS:i:0 SA:Z:chr1,1413517,-,52M48S,60,1; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60950 2129 chr1 1413517 60 52M48H = 1379441 -34128 GCAGCGATGGGCACTGGAGTCGAGACTGGCTGCTGGCTCACAGAAACTGTGG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:1 AS:i:47 XS:i:20 SA:Z:chr1,1414557,-,46S54M,60,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60950 161 chr1 1379441 60 61M39S = 1414557 35170 CCATAGCATCGCCCACAGAGATAACCAAGGTACATGAAGTGCAGGCCAGCTTGATTCCACTCACAGATTTTTTAAACAAAGCCAAATACTTGGGGCTCTT !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 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NM:i:2 AS:i:87 XS:i:19 -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60961 81 chr1 1384795 60 78M22S = 1396442 11571 CAGGCTTATGAGTATCCTTCATATGCTGGAGAAATAGTGGCTCACTTTCAAACGCCCATTCACAGATCTTGCACTTGGTAGTAGATTCATAGGGACTATG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:78 XS:i:0 SA:Z:chr1,1395873,-,78S22M,13,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60961 2129 chr1 1395873 13 78H22M = 1396442 549 TAGTAGATTCATAGGGACTATG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:22 XS:i:0 SA:Z:chr1,1384795,-,78M22S,60,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60961 161 chr1 1396442 60 100M = 1384795 -11571 CCTTTTGGTACAATGTGGGCATCGGAAAGATGTGGCGACCTTAGGGAAATTTGTGAGCTGGGCTACTTTGCCACCATCCCGTCCATAGTAGAAGTCATCT !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:100 XS:i:0 -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60962 97 chr1 1384770 60 29S71M = 1396425 11718 CAGAGTAGAGTGAGGAGCGATATTGACACACCTGGCAAACATAAGGCATCTCTCCAGGCTTATGAGTATCCTTCATATGCTGGAGAAATAGTGGCTCACT !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:71 XS:i:0 SA:Z:chr1,1384217,+,34M66S,47,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60962 2145 chr1 1384217 47 34M66H = 1396425 12271 CAGAGTAGAGTGAGGAGCGATATTGACACACCTG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:34 XS:i:0 SA:Z:chr1,1384770,+,29S71M,60,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60962 145 chr1 1396425 60 37S63M = 1384770 -11718 ATCGAGTTCTACGTGGTGTTTCATATGGTTCATGAATCGAATATTGTTTTTTAGCCTTTTGGTACAATGTGGGCATCGGAAAGATGTGGCGACCTTAGGG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:63 XS:i:0 SA:Z:chr1,1395991,-,38M62S,55,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60962 2193 chr1 1395991 55 38M62H = 1384770 -11259 ATCGAGTTCTACGTGGTGTTTCATATGGTTCATGAATC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:38 XS:i:0 SA:Z:chr1,1396425,-,37S63M,60,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60963 83 chr1 1413404 60 12S88M = 1414636 1146 GGGTACCTGGGGCATTGTTGTTGGCAATTAGTGTGACAAGAGTCTTCTTTGTACTGTCGCTGTTCTGTGCCCCGCTGCTACTAACGGTGGTGGATGTAGA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:88 XS:i:0 -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60963 163 chr1 1414636 57 48M52S = 1413404 -1146 CAACTCCTCCTCCTCACATTCCATGAACAGTTCGGTGTCCGCCATGCTTGAGTGAGCTATCCAAGTGAGTCCCCGTGGCAGGATGCTGCTGGATCTGTGA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:1 AS:i:43 XS:i:19 SA:Z:chr1,1379386,+,70S30M,34,0;chr1,151379083,+,46S26M28S,26,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60963 2211 chr1 1379386 34 70H30M = 1413404 34106 CCCCGTGGCAGGATGCTGCTGGATCTGTGA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:30 XS:i:20 SA:Z:chr1,1414636,+,48M52S,57,1;chr1,151379083,+,46S26M28S,26,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60963 2211 chr1 1379083 26 46H26M28H = 1413404 34409 CTTGAGTGAGCTATCCAAGTGAGTCC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:26 XS:i:0 SA:Z:chr1,1414636,+,48M52S,57,1;chr1,151379386,+,70S30M,34,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60964 99 chr1 1395873 60 39S61M = 1396481 708 GCTCACTTTCAAACGCCCATTCACAGATCTTGCACTTGGTAGTAGATTCATAGGGACTATGAACATTTTCCAAGTGGCACTGAAGCTGGAAGGGAGTGGA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:61 XS:i:0 SA:Z:chr1,1384834,+,39M61S,54,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60964 2147 chr1 1384834 54 39M61H = 1396481 11747 GCTCACTTTCAAACGCCCATTCACAGATCTTGCACTTGG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 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NM:i:0 AS:i:46 XS:i:19 SA:Z:chr1,1396709,-,54M46S,60,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60968 161 chr1 1400388 60 100M = 1396709 -3627 AGGGAAGGGATGGTGTTAAGGGTATTCACCAATTTGGCCACTTCATTGCTATTTTCGCCTGTAACACAAGGTCGCTTCACAGTGACAAAGCTGGCACTGC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:2 AS:i:91 XS:i:0 -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60969 83 chr1 1379441 60 61M39S = 1380884 1384 GCATAGCATCGCCCACAGAGGTAACAAAGGTACATGAAGTGCAGGCCAGCTTGATTCCACTCACAGAATTTTTAAACAAAGCCAAATACTTGGGGCTCTT !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:1 AS:i:60 XS:i:0 SA:Z:chr1,1379711,-,59S41M,57,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60969 2131 chr1 1379711 57 59H41M = 1380884 1134 CTCACAGAATTTTTAAACAAAGCCAAATACTTGGGGCTCTT !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:41 XS:i:20 SA:Z:chr1,1379441,-,61M39S,60,1; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60969 163 chr1 1380884 60 6S94M = 1379441 -1384 GACACTCATTTTCCAAACAGCTCTCTTCTAGATGCTGCGCTGGACAGGGGGATAAAGGAAGACAGGCAGAGGGTCCATTGAGGAGGTCAGCGGTGCTGCC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:2 AS:i:84 XS:i:21 -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60970 83 chr1 1381176 60 100M = 1384770 3496 GCCTGGTTTCAAGCCCTCCAGCTGCTTGGGTTTACGGAAGGTTTTATGGTGTTGAAGCTTGTGTTCAATTTTGTCCTTGGCAAAGAGAAACTGCAGCCGG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:100 XS:i:0 -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60970 163 chr1 1384770 60 24S76M = 1381176 -3496 TAGAGTGAGGAGCGATATTGACACACCTGGCAAACATAAGGCATCTCTCCAGGCATATGAGTATCCTTCATATGCTGGAGAAATAGTGGCTCACTTTCAA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:1 AS:i:71 XS:i:19 SA:Z:chr1,1384222,+,29M71S,35,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60970 2211 chr1 1384222 35 29M71H = 1381176 -2948 TAGAGTGAGGAGCGATATTGACACACCTG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:29 XS:i:0 SA:Z:chr1,1384770,+,24S76M,60,1; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60971 83 chr1 1400599 60 46S54M = 1400803 152 ACCAAGCTGGCAATGCTCACTGCAGGTGGAGAGGGGAAGGAGGGAGCTAGCTTGGGATTCGTGGTCTGGTTTGACTGGCCTGGAGACTGAACAGCTAGTT !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:54 XS:i:0 SA:Z:chr1,1400472,-,49M51S,60,1; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60971 2131 chr1 1400472 60 49M51H = 1400803 284 ACCAAGCTGGCAATGCTCACTGCAGGTGGAGAGGGGAAGGAGGGAGCTA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:1 AS:i:46 XS:i:20 SA:Z:chr1,1400599,-,46S54M,60,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60971 163 chr1 1400803 60 88M12S = 1400599 -152 GCATTGTGGAGCCTGGCCTCACAGGGGTCATCTGGGAGAACACTTGTGGAACTCCAACTGTCGGCTTAACAAACTGGGTACCTGGGGCATTGTTGTTGGC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:88 XS:i:0 -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60972 81 chr1 1413460 60 100M = 1379386 -34174 GCCCCGCTGCTACTAACGGTGGTGGATGTAGAGACGTGCCCAGCAACAGAAGCATGGGCAGCGATGGGCACTGGAGCCGAGACTGGCTGCTGGCTCACAG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:1 AS:i:95 XS:i:0 -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60972 161 chr1 1379386 60 2S98M = 1413460 34174 GTCCCCGTGGCAGGATGCTGCTGGATCTGTGAGAGGGGTTGAATACCAAATGCTTGGCCATAGCATCGCCCACAGAGGTAACAAAGGTACATGAAGTGCA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 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NM:i:1 AS:i:95 XS:i:0 -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60974 147 chr1 1396696 60 67M33S = 1396446 -317 GGACACTGGGTTCTGAATCCAGGGACTTTCCTTTCTTCTGGTATTCAACCATTTCTGGGCAACAGTAACACATGTGACCTCTCAAAGCTTCAGTAACACG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:67 XS:i:0 SA:Z:chr1,1397431,-,67S33M,45,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60974 2195 chr1 1397431 45 67H33M = 1396446 -1018 ACACATGTGACCTCTCAAAGCTTCAGTAACACG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:33 XS:i:19 SA:Z:chr1,1396696,-,67M33S,60,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:60975 83 chr1 1400299 60 32S68M = 1400598 233 CTGGAGGTCAAATACTGGGATGGAAGAGGTCACTTTCATTGAAGACTCAGGTCCGCTGGTTCTTTGAGAGCCATGAGCAGAGCTGTTGTTGGACACCACC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 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NM:i:0 AS:i:100 XS:i:0 -GFGG-GA2-1:2:33:2000:61010 145 chr1 1384770 60 22S78M = 1381178 -3670 GAGTGAGGAGCGATATTGACACACCTGGCAAACATAAGGCATCTCTCCAGGCTTATGAGTATCCTTCATATGCTGGAGAAATAGTGGCTCACTTTCAAAC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:78 XS:i:0 SA:Z:chr1,1384224,-,27M73S,29,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:61010 2193 chr1 1384224 29 27M73H = 1381178 -3073 GAGTGAGGAGCGATATTGACACACCTG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:27 XS:i:0 SA:Z:chr1,1384770,-,22S78M,60,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:61011 81 chr1 1400599 60 10S90M = 1413404 12717 AAGGAGGGAGCTAGCTTGGGATTCGTGGTCTGGTTTGACTGGCCTGGAGACTGAACAGCTAGTTGCCCCAGTGAGGTTGGCTGTGTGGCAGTGGGAGTGG !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 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NM:i:0 AS:i:100 XS:i:0 -GFGG-GA2-1:2:33:2000:69050 99 chr1 3750955 60 77M23S = 3751587 711 CCTTGATTCGCTATGATTTCACCACAGGAGAGCCAATTCGGGACCCCCAGGGGCACTGTATGGCCACATCTCCAGGTGAGCCAGGGCTGCTGGTGGCCCC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:1 AS:i:72 XS:i:19 SA:Z:chr1,3751159,+,71S29M,35,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:69050 2147 chr1 3751159 35 71H29M = 3751587 507 CCAGGTGAGCCAGGGCTGCTGGTGGCCCC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:29 XS:i:19 SA:Z:chr1,3750955,+,77M23S,60,1; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:69050 147 chr1 3751587 60 21S79M = 3750955 -711 TGATCGTACTGGAGACACCTTCAGGTGGAAGGGGGAGAATGTGGCCACAACCGAGGTGGCAGAGGTCTTCGAGGCCCTAGATTTTCTTCAGGAGGTGAAC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! NM:i:0 AS:i:79 XS:i:0 SA:Z:chr1,3751338,-,26M74S,26,0; -GFGG-GA2-1:2:33:2000:69050 2195 chr1 3751338 26 26M74H = 3750955 -409 TGATCGTACTGGAGACACCTTCAGGT !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 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NM:i:0 AS:i:47 XS:i:0 SA:Z:chr1,9683876,+,53M47S,60,0; diff --git a/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/test-datasets b/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/test-datasets new file mode 160000 index 000000000000..1f2ea894d540 --- /dev/null +++ b/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/test-datasets @@ -0,0 +1 @@ +Subproject commit 1f2ea894d54065203fc6defcc086e85b5e5d6694 From d1c3a2b4eb5ed89531ac8b0298c750e55390c27c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: razmia02 Date: Thu, 23 Jul 2026 01:11:43 +0500 Subject: [PATCH 7/9] All tests passed, ready to submit --- modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test | 28 +++++++++++++++++---- modules/nf-core/ciri2/tests/nextflow.config | 5 ++++ 2 files changed, 28 insertions(+), 5 deletions(-) create mode 100644 modules/nf-core/ciri2/tests/nextflow.config diff --git a/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test index faf8d145bc76..ba1f10b00626 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test +++ b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test @@ -3,17 +3,35 @@ nextflow_process { name "Test Process CIRI2" script "../main.nf" process "CIRI2" + config "./nextflow.config" - test("homo_sapiens - sam - pairedend") { - - when { + setup { + run("SAMTOOLS_VIEW") { + script "../../samtools/view/main.nf" process { """ input[0] = [ [ id:'test', single_end: false ], - file("/home/razmia/nf-core-modules/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/test-datasets/sample.sam", checkIfExists: true) + file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/homo_sapiens/illumina/bam/test.rna.paired_end.bam', checkIfExists: true), + [] ] - input[1] = file("/home/razmia/nf-core-modules/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/test-datasets/chr1.fa") + input[1] = [ + [ id:'fasta' ], file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/homo_sapiens/genome/genome.fasta', checkIfExists: true), [] ] + input[2] = [ [], [] ] + input[3] = [ [], [] ] + input[4] = [] + """ + } + } + } + + test("homo_sapiens - sam - pairedend") { + + when { + process { + """ + input[0] = SAMTOOLS_VIEW.out.sam + input[1] = file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/homo_sapiens/genome/genome.fasta', checkIfExists: true) input[2] = [] input[3] = [] """ diff --git a/modules/nf-core/ciri2/tests/nextflow.config b/modules/nf-core/ciri2/tests/nextflow.config new file mode 100644 index 000000000000..871a041e2d54 --- /dev/null +++ b/modules/nf-core/ciri2/tests/nextflow.config @@ -0,0 +1,5 @@ +process { + withName: 'SAMTOOLS_VIEW' { + ext.args = '--output-fmt sam' + } +} From a93efc2c1a0d7e45f7a82378f05bb9f6b3542d07 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: razmia02 Date: Thu, 23 Jul 2026 23:53:56 +0500 Subject: [PATCH 8/9] Added stub test and removed test_data directory --- modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test | 29 +++++++++++++++++++ modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test.snap | 21 ++++++++++++++ .../ciri2/tests/test_data/test-datasets | 1 - 3 files changed, 50 insertions(+), 1 deletion(-) delete mode 160000 modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/test-datasets diff --git a/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test index ba1f10b00626..7c9bf280f61b 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test +++ b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test @@ -48,4 +48,33 @@ nextflow_process { ) } } + + test("homo_sapiens - sam - pairedend -- stub") { + + options "-stub" + + when { + process { + """ + input[0] = [ + [ id:'test', single_end: false ], + file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/homo_sapiens/illumina/bam/test.rna.paired_end.bam', checkIfExists: true) + ] + input[1] = file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/homo_sapiens/genome/genome.fasta', checkIfExists: true) + input[2] = [] + input[3] = [] + """ + } + } + + then { + assertAll( + { assert process.success }, + { assert snapshot( + process.out.circrna, + process.out.findAll { key, val -> key.startsWith('versions') } + ).match() } + ) + } + } } diff --git a/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test.snap b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test.snap index da1c72e0b0dc..39e87346100b 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test.snap +++ b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test.snap @@ -9,5 +9,26 @@ "nf-test": "0.9.5", "nextflow": "26.04.3" } + }, + "homo_sapiens - sam - pairedend -- stub": { + "content": [ + [ + [ + { + "id": "test", + "single_end": false + }, + "test.txt:md5,d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e" + ] + ], + { + + } + ], + "timestamp": "2026-07-23T23:47:30.325105252", + "meta": { + "nf-test": "0.9.5", + "nextflow": "26.04.3" + } } } \ No newline at end of file diff --git a/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/test-datasets b/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/test-datasets deleted file mode 160000 index 1f2ea894d540..000000000000 --- a/modules/nf-core/ciri2/tests/test_data/test-datasets +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -Subproject commit 1f2ea894d54065203fc6defcc086e85b5e5d6694 From 41b64009c5debf79392a1f00ba76f0c95cc047e7 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: razmia02 Date: Fri, 24 Jul 2026 19:52:15 +0500 Subject: [PATCH 9/9] Resolved all comments --- modules/nf-core/ciri2/environment.yml | 2 +- modules/nf-core/ciri2/main.nf | 23 +++++----- modules/nf-core/ciri2/meta.yml | 45 +++++++++++++------ modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test | 7 ++- modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test.snap | 23 ++++++++-- 5 files changed, 69 insertions(+), 31 deletions(-) diff --git a/modules/nf-core/ciri2/environment.yml b/modules/nf-core/ciri2/environment.yml index 377d1c78fa25..f99a93e84427 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/environment.yml +++ b/modules/nf-core/ciri2/environment.yml @@ -3,4 +3,4 @@ channels: - conda-forge - bioconda dependencies: - - "bioconda::ciri2=2.0.6" + - "bioconda::ciri2=2.0.6=pl5321hdfd78af_0" diff --git a/modules/nf-core/ciri2/main.nf b/modules/nf-core/ciri2/main.nf index c7de332abf14..3b4de85c672e 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/main.nf +++ b/modules/nf-core/ciri2/main.nf @@ -10,19 +10,18 @@ process CIRI2 { 'quay.io/biocontainers/ciri2:2.0.6--pl5321hdfd78af_0' }" input: - tuple val(meta), path(sam) // Required -I sam_file - path fasta // optional -F reference fasta file - path annotation // optional -A GTF or GFF3 annotation file - path ref_dir // optional -R reference directory path + tuple val(meta), path(sam) // Required input sam_file + path fasta // optional reference fasta file + path annotation // optional GTF or GFF3 annotation file + path ref_dir // optional reference directory path output: tuple val(meta), path("*.txt"), emit: circrna - tuple val(meta), path("*.txt.log"), emit: logfile, optional: true + tuple val(meta), path("*.txt.log"), emit: log, optional: true tuple val(meta), path("CIRIerror.log"), emit: error_log, optional: true - - tuple val("${task.process}"), val('CIRI2.pl'), val("2.0.6"), topic: versions + tuple val("${task.process}"), val('CIRI2.pl'), eval("CIRI2.pl --help | sed -n 's/^Version:\\s*//p'"), topic: versions, emit: versions_ciri2 when: task.ext.when == null || task.ext.when @@ -30,16 +29,16 @@ process CIRI2 { script: def args = task.ext.args ?: '' def prefix = task.ext.prefix ?: "${meta.id}" - def anno = annotation ? "-A ${annotation}" : "" - def reference = fasta ? "-F ${fasta}" : "-R ${ref_dir}" + def anno = annotation ? "--anno ${annotation}" : "" + def reference = fasta ? "--ref_file ${fasta}" : "--ref_dir ${ref_dir}" """ CIRI2.pl \\ - -I $sam \\ - -O ${prefix}.txt \\ + --in $sam \\ + --out ${prefix}.txt \\ $reference \\ $anno \\ - -T $task.cpus \\ + --thread_num $task.cpus \\ $args """ diff --git a/modules/nf-core/ciri2/meta.yml b/modules/nf-core/ciri2/meta.yml index 28b16a888c9a..d6ef42626b85 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/meta.yml +++ b/modules/nf-core/ciri2/meta.yml @@ -53,31 +53,50 @@ output: type: file description: Output file containing circRNA list pattern: "*.{txt}" - - "CIRIerror.log": + ontologies: [] + log: + - - meta: + type: map + description: | + Groovy Map containing sample information + e.g. `[ id:'sample1' ]` + - "*.txt.log": type: file - description: Error log file from CIRI2.pl - pattern: "CIRIerror.log" - logfile: + description: Output log file + pattern: "*.{txt.log}" + ontologies: [] + error_log: - - meta: type: map description: | Groovy Map containing sample information e.g. `[ id:'sample1' ]` - - "*.log": + - CIRIerror.log: type: file - description: Output logfile - pattern: "*.{log}" + description: Output error log file + pattern: "CIRIerror.log" + ontologies: [] + versions_ciri2: + - - ${task.process}: + type: string + description: The name of the process + - CIRI2.pl: + type: string + description: The name of the tool + - CIRI2.pl --help | sed -n 's/^Version:\s*//p': + type: eval + description: The expression to obtain the version of the tool topics: versions: - - - "${task.process}": + - - ${task.process}: type: string description: The name of the process - - "CIRI2.pl": - type: string - description: The name of the tool used to detect circular RNAs - - versions: + - CIRI2.pl: type: string - description: The version of CIRI2.pl used + description: The name of the tool + - CIRI2.pl --help | sed -n 's/^Version:\s*//p': + type: eval + description: The expression to obtain the version of the tool authors: - "@razmia02" maintainers: diff --git a/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test index 7c9bf280f61b..94869c0f3547 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test +++ b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test @@ -4,6 +4,10 @@ nextflow_process { script "../main.nf" process "CIRI2" config "./nextflow.config" + tag "modules" + tag "modules_nfcore" + tag "ciri2" + tag "samtools/view" setup { run("SAMTOOLS_VIEW") { @@ -43,7 +47,8 @@ nextflow_process { { assert process.success }, { assert snapshot( file(process.out.circrna[0][1]).name, - process.out.logfile ? file(process.out.logfile[0][1]).name : null + process.out.logfile ? file(process.out.logfile[0][1]).name : null, + process.out.findAll { key, val -> key.startsWith('versions') } ).match() } ) } diff --git a/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test.snap b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test.snap index 39e87346100b..9f74062f3dc7 100644 --- a/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test.snap +++ b/modules/nf-core/ciri2/tests/main.nf.test.snap @@ -2,9 +2,18 @@ "homo_sapiens - sam - pairedend": { "content": [ "test.txt", - "test.txt.log" + null, + { + "versions_ciri2": [ + [ + "CIRI2", + "CIRI2.pl", + "2.0.6" + ] + ] + } ], - "timestamp": "2026-07-22T19:49:36.32556299", + "timestamp": "2026-07-24T19:44:07.04302318", "meta": { "nf-test": "0.9.5", "nextflow": "26.04.3" @@ -22,10 +31,16 @@ ] ], { - + "versions_ciri2": [ + [ + "CIRI2", + "CIRI2.pl", + "2.0.6" + ] + ] } ], - "timestamp": "2026-07-23T23:47:30.325105252", + "timestamp": "2026-07-24T19:44:21.142901021", "meta": { "nf-test": "0.9.5", "nextflow": "26.04.3"