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Commit dd81708

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31 files changed

Lines changed: 382 additions & 629 deletions

‎codex-process-data-transfer/src/main/java/de/netzwerk_universitaetsmedizin/codex/processes/data_transfer/spring/config/TransferDataConfig.java‎

Lines changed: 30 additions & 30 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -74,94 +74,94 @@ public class TransferDataConfig
7474
@Autowired
7575
private FhirContext fhirContext;
7676

77-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fhir.server.base.url:#{null}}")
77+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fhir.server.base.url:#{null}}")
7878
private String fhirStoreBaseUrl;
7979

80-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fhir.username:#{null}}")
80+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fhir.username:#{null}}")
8181
private String fhirStoreUsername;
8282

83-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fhir.password:#{null}}")
83+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fhir.password:#{null}}")
8484
private String fhirStorePassword;
8585

86-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fhir.bearer.token:#{null}}")
86+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fhir.bearer.token:#{null}}")
8787
private String fhirStoreBearerToken;
8888

89-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fhir.timeout.connect:10000}")
89+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fhir.timeout.connect:10000}")
9090
private int fhirStoreConnectTimeout;
9191

92-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fhir.timeout.socket:10000}")
92+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fhir.timeout.socket:10000}")
9393
private int fhirStoreSocketTimeout;
9494

95-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fhir.timeout.connection.request:10000}")
95+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fhir.timeout.connection.request:10000}")
9696
private int fhirStoreConnectionRequestTimeout;
9797

98-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fhir.client:de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.processes.data_transfer.client.fhir.FhirBridgeClient}")
98+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fhir.client:de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.processes.data_transfer.client.fhir.FhirBridgeClient}")
9999
private String fhirStoreClientClass;
100100

101-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fhir.client.hapi.verbose:false}")
101+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fhir.client.hapi.verbose:false}")
102102
private boolean fhirStoreHapiClientVerbose;
103103

104-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fhir.use.chained.parameter.not.logical.reference:true}")
104+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fhir.use.chained.parameter.not.logical.reference:true}")
105105
private boolean fhirStoreUseChainedParameterNotLogicalReference;
106106

107-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fhir.search.bundle.override:#{null}}")
107+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fhir.search.bundle.override:#{null}}")
108108
private String fhirStoreSearchBundleOverride;
109109

110-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.crr.public.key:#{null}}")
110+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.crr.public.key:#{null}}")
111111
private String crrPublicKeyFile;
112112

113-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.crr.private.key:#{null}}")
113+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.crr.private.key:#{null}}")
114114
private String crrPrivateKeyFile;
115115

116-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.gth.identifier.value:gth.hs-heilbronn.de}")
116+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.gth.identifier.value:gth.hs-heilbronn.de}")
117117
private String geccoTransferHubIdentifierValue;
118118

119-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.crr.identifier.value:num-codex.de}")
119+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.crr.identifier.value:num-codex.de}")
120120
private String crrIdentifierValue;
121121

122-
@Value("#{'${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.consent.granted.oids.mdat.transfer:2.16.840.1.113883.3.1937.777.24.5.3.8,2.16.840.1.113883.3.1937.777.24.5.3.9,2.16.840.1.113883.3.1937.777.24.5.3.33,2.16.840.1.113883.3.1937.777.24.5.3.34}'.split(',')}")
122+
@Value("#{'${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.consent.granted.oids.mdat.transfer:2.16.840.1.113883.3.1937.777.24.5.3.8,2.16.840.1.113883.3.1937.777.24.5.3.9,2.16.840.1.113883.3.1937.777.24.5.3.33,2.16.840.1.113883.3.1937.777.24.5.3.34}'.split(',')}")
123123
private List<String> mdatTransferGrantedOids;
124124

125-
@Value("#{'${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.consent.granted.oids.idat.merge:2.16.840.1.113883.3.1937.777.24.5.3.4}'.split(',')}")
125+
@Value("#{'${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.consent.granted.oids.idat.merge:2.16.840.1.113883.3.1937.777.24.5.3.4}'.split(',')}")
126126
private List<String> idatMergeGrantedOids;
127127

128-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fttp.trust.certificates:#{null}}")
128+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fttp.trust.certificates:#{null}}")
129129
private String fttpTrustStore;
130130

131-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fttp.certificate:#{null}}")
131+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fttp.certificate:#{null}}")
132132
private String fttpCertificate;
133133

134-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fttp.private.key:#{null}}")
134+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fttp.private.key:#{null}}")
135135
private String fttpPrivateKey;
136136

137-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fttp.timeout.connect:10000}")
137+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fttp.timeout.connect:10000}")
138138
private int fttpConnectTimeout;
139139

140-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fttp.timeout.socket:10000}")
140+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fttp.timeout.socket:10000}")
141141
private int fttpSocketTimeout;
142142

143-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fttp.timeout.connection.request:10000}")
143+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fttp.timeout.connection.request:10000}")
144144
private int fttpConnectionRequestTimeout;
145145

146-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fttp.basicauth.username:#{null}}")
146+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fttp.basicauth.username:#{null}}")
147147
private String fttpBasicAuthUsername;
148148

149-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fttp.basicauth.password:#{null}}")
149+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fttp.basicauth.password:#{null}}")
150150
private String fttpBasicAuthPassword;
151151

152-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fttp.server.base.url:#{null}}")
152+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fttp.server.base.url:#{null}}")
153153
private String fttpServerBase;
154154

155-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fttp.api.key:#{null}}")
155+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fttp.api.key:#{null}}")
156156
private String fttpApiKey;
157157

158-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fttp.study:num}")
158+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fttp.study:num}")
159159
private String fttpStudy;
160160

161-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fttp.target:codex}")
161+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fttp.target:codex}")
162162
private String fttpTarget;
163163

164-
@Value("${de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.fttp.client.hapi.verbose:false}")
164+
@Value("${de.netzwerk.universitaetsmedizin.codex.fttp.client.hapi.verbose:false}")
165165
private boolean fttpHapiClientVerbose;
166166

167167
@Value("${org.highmed.dsf.bpe.fhir.client.remote.proxy.url:#{null}}")

‎codex-process-data-transfer/src/main/java/de/netzwerk_universitaetsmedizin/codex/processes/data_transfer/variables/PatientReference.java‎

Lines changed: 1 addition & 3 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,6 +1,5 @@
11
package de.netzwerk_universitaetsmedizin.codex.processes.data_transfer.variables;
22

3-
import java.io.Serializable;
43
import java.util.Objects;
54

65
import org.apache.commons.lang3.StringUtils;
@@ -10,8 +9,7 @@
109
import com.fasterxml.jackson.annotation.JsonIgnore;
1110
import com.fasterxml.jackson.annotation.JsonProperty;
1211

13-
//TODO remove 'implements Serializable' when https://github.com/highmed/highmed-dsf/issues/210 is fixed and released
14-
public class PatientReference implements Serializable
12+
public class PatientReference
1513
{
1614
public static PatientReference from(Identifier identifier)
1715
{

‎codex-processes-ap1-docker-test-setup/db/init-db.sh‎

Lines changed: 17 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,17 @@
1+
#!/bin/bash
2+
set -e
3+
4+
psql -v ON_ERROR_STOP=1 --username "$POSTGRES_USER" --dbname "$POSTGRES_DB" <<-EOSQL
5+
CREATE DATABASE dic_fhir;
6+
GRANT ALL PRIVILEGES ON DATABASE dic_fhir TO liquibase_user;
7+
CREATE DATABASE dic_bpe;
8+
GRANT ALL PRIVILEGES ON DATABASE dic_bpe TO liquibase_user;
9+
CREATE DATABASE gth_fhir;
10+
GRANT ALL PRIVILEGES ON DATABASE gth_fhir TO liquibase_user;
11+
CREATE DATABASE gth_bpe;
12+
GRANT ALL PRIVILEGES ON DATABASE gth_bpe TO liquibase_user;
13+
CREATE DATABASE crr_fhir;
14+
GRANT ALL PRIVILEGES ON DATABASE crr_fhir TO liquibase_user;
15+
CREATE DATABASE crr_bpe;
16+
GRANT ALL PRIVILEGES ON DATABASE crr_bpe TO liquibase_user;
17+
EOSQL

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